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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004639

染色体: Chr01 坐标: 64425773-64426524 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004639
名称SmilChr01G004639
描述pathogenesis-related protein PR-1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64425773 - 64426524 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004974
GeneID131004974
locus_tag-
NCBI NameLOC131004974
原始查询SmilChr01G004639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pathogenesis-related protein PR-1
产物pathogenesis-related protein PR-1
ArabidopsisAT4G30320 (AT4G30320)
CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathosis-related 1 protein) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829155]
identity=56.3; qcov=0.919; evalue=7.66e-64; confidence=high
RiceOs02g0786500 (OsPR1#021)
-
identity=66.4; qcov=0.814; evalue=4.45e-64; confidence=high
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0005615 (GO:0005615)
KEGG-
PfamPF00188 (CAP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057787732.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057787732.1
3 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057787732.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787732.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787732.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787732.1
172 aa
N
1
86
172
CAP
C
PF00188 CAP 42-160 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787732.1 Pfam PF00188 CAP Domain 42 160 1e-19 72.2 Cysteine-rich secretory protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931749.1
TCCATTCTTATAAATATTATTACAATGCTACATAAACTATCGTACATAGTTGGAAGGAAAAAAATTCCATGACCAAAAAATAATAATTTCAATGCAATGCTACTCCTCCAAATGCTCAACCCCTTCCCCTTGCACTATGCAATCATCCTAATTCTCATCTCCAGCTTCCTCACTCCAACCGCCGCGGTGGCCGGGAACAGCGAAGTGAAGCAGTTCCTGGGCGTGCAGAACGCAGCGCGGTCGGCGCTGCGGCTGCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131004974
ATGCTACTCCTCCAAATGCTCAACCCCTTCCCCTTGCACTATGCAATCATCCTAATTCTCATCTCCAGCTTCCTCACTCCAACCGCCGCGGTGGCCGGGAACAGCGAAGTGAAGCAGTTCCTGGGCGTGCAGAACGCAGCGCGGTCGGCGCTGCGGCTGCCACCGCTGGTGTGGGACGCCAGGATCGAACGGTACGCGGCTGGGTACGCGGCCCAGCGGCGAGCGGACTGTGAGCTGCTTCACTCGAACGGACCGTACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787732.1
MLLLQMLNPFPLHYAIILILISSFLTPTAAVAGNSEVKQFLGVQNAARSALRLPPLVWDARIERYAAGYAAQRRADCELLHSNGPYGENIFWGSGNRWTAGQAAAAWVSERRGYNYWSNSCVYGQDCGHYTQIVWRGTRRVGCARVVCYGGRGVFMICNYDPPGNYVGERPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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