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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004641

染色体: Chr01 坐标: 64448361-64453072 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004641
名称SmilChr01G004641
描述uncharacterized SmilChr01G004641
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64448361 - 64453072 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004979
GeneID131004979
locus_tag-
NCBI NameLOC131004979
原始查询SmilChr01G004641

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828682]; symbol=AT4G25770; hit=AT4G25770; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828682]; symbol=AT4G25770; hit=AT4G25770; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G25770 (AT4G25770)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828682]
identity=61.7; qcov=0.875; evalue=2.94e-172; confidence=high
RiceOs08g0447300
-
identity=55; qcov=1.03; evalue=1.37e-166; confidence=high
GOGO:0044255 (GO:0044255)
KEGG-
PfamPF05057 (DUF676)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057787743.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057787743.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787743.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787743.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787743.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64451839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:64451960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr1:64452820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C22,C35,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787743.1
439 aa
N
1
220
439
DUF676
C
PF05057 DUF676 100-334 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787743.1 Pfam PF05057 DUF676 Family 100 334 6.4e-68 229.3 Putative serine esterase (DUF676)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931760.1
AACTGTCATAGTCTTCTATTAGAACAAACCATTGCGCCAAAATACCTCTTCTAAATTCTCTTTTAATCAAAAAAATCTACTGCGCACAACAATTGAGAGTCAAAAATTCCAACATAAAATAGAAATCGAAAACTAAACCATAGAGCAATTCAATTCAAATGATAAAACGTGAAAAACATCACGTGCTAAATTTAAATGTCACCACGTTGGAAATACTTCTCGGAGTTTGGAAGAACTTCTAAATTTGAACAAGAAATCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131004979
ATGATCGCCACCGCCAAGTTCCCTCTGCAACCCACTGTTCCAAACCCAAAACCCACTTCAAATTCTCAATTTTCAGCGGTTGTGCTGAACTTCAGCTTCGGATTTGCGAGAAGATCGAGAATTGGAGGGGGCAGTGAATTGTGGTTGGTGGATGAGCGTGGTGAAATGGGATTTCTGCAGAAATTGAGTAGGGGTTGCTTCAAGGGGTGTTGCTCCAAGAAGGAGACAGAGGTGGAAGTCGAGGCCGCCAACGGCGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787743.1
MIATAKFPLQPTVPNPKPTSNSQFSAVVLNFSFGFARRSRIGGGSELWLVDERGEMGFLQKLSRGCFKGCCSKKETEVEVEAANGGEDLFDAAVADSKVQPDHLVIMVNGIIGSAADWRYAADQFVKNLPDKVIVHRSECNPSRLTFDGVDRMGERLAEEVMDVIRRWHGVRKISFVAHSLGGLVARYAIGRLYRLSAKTSSASIPGYCSNGEANVSTSLNDEFYEENIGGLEPVNFVTFATPHLGSRGHKQLPLLCGLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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