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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004662

染色体: Chr01 坐标: 64721669-64724117 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004662
名称SmilChr01G004662
描述VAN3-binding protein
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64721669 - 64724117 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005011
GeneID131005011
locus_tag-
NCBI NameLOC131005011
原始查询SmilChr01G004662

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述VAN3-binding protein
产物VAN3-binding protein
ArabidopsisAT5G57770 (AT5G57770)
auxin canalization protein (DUF828) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835885]
identity=52.7; qcov=1.04; evalue=5.72e-120; confidence=high
RiceOs10g0560000 (OSJNBa0042H09.6)
-
identity=32.8; qcov=0.676; evalue=1.93e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05703 (Auxin_canalis); PF08458 (PH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005011

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057787772.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057787772.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057787772.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057787773.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787773.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64721907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B69
Chr1:64721954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B104,B140,C60
Chr1:64722650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:64722655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,C17,C49,C63,D9
Chr1:64722983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C85
Chr1:64723036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787772.1
394 aa
N
1
197
394
Auxin_canalis
PH_2
C
PF05703 Auxin_canalis 19-259 aa PF08458 PH_2 280-381 aa
XP_057787773.1
393 aa
N
1
196
393
Auxin_canalis
PH_2
C
PF05703 Auxin_canalis 19-258 aa PF08458 PH_2 279-380 aa
XP_057787774.1
393 aa
N
1
196
393
Auxin_canalis
PH_2
C
PF05703 Auxin_canalis 19-258 aa PF08458 PH_2 279-380 aa
XP_057787775.1
389 aa
N
1
194
389
Auxin_canalis
PH_2
C
PF05703 Auxin_canalis 14-254 aa PF08458 PH_2 275-376 aa
XP_057787776.1
388 aa
N
1
194
388
Auxin_canalis
PH_2
C
PF05703 Auxin_canalis 14-253 aa PF08458 PH_2 274-375 aa
XP_057787777.1
392 aa
N
1
196
392
Auxin_canalis
PH_2
C
PF05703 Auxin_canalis 19-257 aa PF08458 PH_2 278-379 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787772.1 Pfam PF05703 Auxin_canalis Family 19 259 2.7e-66 224.9 Auxin canalisation
XP_057787772.1 Pfam PF08458 PH_2 Domain 280 381 1.5e-21 77.4 Plant pleckstrin homology-like region
XP_057787773.1 Pfam PF05703 Auxin_canalis Family 19 258 4.4e-68 230.8 Auxin canalisation
XP_057787773.1 Pfam PF08458 PH_2 Domain 279 380 1.5e-21 77.4 Plant pleckstrin homology-like region
XP_057787774.1 Pfam PF05703 Auxin_canalis Family 19 258 4.5e-66 224.2 Auxin canalisation
XP_057787774.1 Pfam PF08458 PH_2 Domain 279 380 1.5e-21 77.4 Plant pleckstrin homology-like region
XP_057787775.1 Pfam PF05703 Auxin_canalis Family 14 254 2.5e-66 225.1 Auxin canalisation
XP_057787775.1 Pfam PF08458 PH_2 Domain 275 376 1.5e-21 77.4 Plant pleckstrin homology-like region
XP_057787776.1 Pfam PF05703 Auxin_canalis Family 14 253 4.1e-68 230.9 Auxin canalisation
XP_057787776.1 Pfam PF08458 PH_2 Domain 274 375 1.5e-21 77.4 Plant pleckstrin homology-like region
XP_057787777.1 Pfam PF05703 Auxin_canalis Family 19 257 6.3e-68 230.3 Auxin canalisation
XP_057787777.1 Pfam PF08458 PH_2 Domain 278 379 1.5e-21 77.4 Plant pleckstrin homology-like region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931793.1
ACATCTTCATTCTTTCCTAGCCAAACTTTCTTTGGTCGTTTCATTTCACAAGTTTCATAAAAATTAAAGGTCTAGAATCCCAACAAGACGAGGCATTATTGCAGTTGCATTAATTTGTTTCTCAGTTGATACATGCATGGAATGCTTATTTAATGGAAAGTAACACAATTGAGTAAGGTTGATACAACGAGTTCTAATGATGTGCAAAGATGGATTCAGACTTCAATCCAACACTCTCTCAAGCTCATCCGGAGACGATG...
XM_057931792.1
ATTTCACAAGTTTCATAAAAATTAAAGGTCTAGAATCCCAACAAGACGAGGCATTATTGCAGTTGCATTAATTTGTTTCTCAGTTGATACATGCATGGAATGCTTATTTAATGGAAAGTAACACAATTGAGTAAGGTTGATACAACGAGTTCTAATGATGTGCAAAGATGGATTCAGACTTCAATCCAACACTCTCTCAAGCTCATCCGGAGACGATGGATTTCCTCTCCCACGCTTGGTGCGACTTTGCAGTTCAAGCT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131005011
ATGGTCTTAGCAAAGATGGATTCAGACTTCAATCCAACACTCTCTCAAGCTCATCCGGAGACGATGGATTTCCTCTCCCACGCTTGGTGCGACTTTGCAGTTCAAGCTCTGCAGCCTCCGACACATGAGCAATCACTCGTTCTTCACGACAGCTCTATAAAGATATTTGAGAGCGACGCCAAGCCTCCTTCCGTAACCAACAACAGTGCGAAGTTAGACGATGGGGATAAGTTCTTGCCTCCTTGGAAATCCAATGATGT...
LOC131005011
ATGGTCTTAGCAAAGATGGATTCAGACTTCAATCCAACACTCTCTCAAGCTCATCCGGAGACGATGGATTTCCTCTCCCACGCTTGGTGCGACTTTGCAGTTCAAGCTCTGCAGCCTCCGACACATGAGCAATCACTCGTTCTTCACGACAGCTCTATAAAGATATTTGAGAGCGACGCCAAGCCTCCTTCCGTAACCAACAACAGTGCGAAGTTAGACGATGGGGATAAGTTCTTGCCTCCTTGGAAATCCAATGATGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057787772.1
MVLAKMDSDFNPTLSQAHPETMDFLSHAWCDFAVQALQPPTHEQSLVLHDSSIKIFESDAKPPSVKTNNSAKLDDGDKFLPPWKSNDVKSWIWMQQAMHPEVNYNSYFKRKWMSWKLAPFKHVSIKKWLNEMKQRRKEEQRLQKAEVHAAISVAGVAAALAALAAENSKHGEREESRAVASAAALVAAQCAKVAEAMGAKREQLSSVIGSAISGTTASEIVTLTAAAATSAIRGADTLKARSSCNNRLNRSSPVLPLEDG...
XP_057787773.1
MVLAKMDSDFNPTLSQAHPETMDFLSHAWCDFAVQALQPPTHEQSLVLHDSSIKIFESDAKPPSVKTNNSAKLDDGDKFLPPWKSNDVKSWIWMQQAMHPEVNYNSYFKRKWMSWKLAPFKHVSIKKWLNEMKQRRKEEQRLQKAEVHAAISVAGVAAALAALAAENSKHGEREESRAVASAAALVAAQCAKVAEAMGAKREQLSSVIGSAISGTTASEIVTLTAAAATSIRGADTLKARSSCNNRLNRSSPVLPLEDGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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