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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004672

染色体: Chr01 坐标: 64806209-64809303 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004672
名称SmilChr01G004672
描述sugar transporter ERD6-like 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64806209 - 64809303 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005022
GeneID131005022
locus_tag-
NCBI NameLOC131005022
原始查询SmilChr01G004672

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar transporter ERD6-like 4
产物sugar transporter ERD6-like 4
ArabidopsisAT1G19450 (AT1G19450)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838529]
identity=73.9; qcov=0.828; evalue=1.53e-54; confidence=high
RiceOs05g0579000
-
identity=68.2; qcov=0.821; evalue=4.3e-49; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057787792.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057787792.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057787792.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057787792.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787792.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64807399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C73
Chr1:64807569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:64807591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787792.1
134 aa
N
1
67
134
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 8-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787792.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 8 114 4.8e-17 62.7 Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931809.1
GAACCCATCGTCCTCAGCCAAATACCCTTCGTCCTCAGCAAAAACCGCCGCCGCATTTCAATCTCTGCCGCATTGTGACCGCCGCCGCATCCTCCTCCATTGTGACCACCGCCGCGTTTCAATCTCCGACTATCTCCATCTCGGCAATTGAATCTCCGCTGCATTTGAATCTCCGCCTCCAACAGCGCGATTTCGACCACCGCCGCACCTCCGACGATGCGATTTCAACCGCCGCCTTTTGACGACGACTCTGGAGCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005022
ATGGGCATGACTGATGACTTTGAAGCTTCTTTGCAAGTACTTCGTGGTTTTGACACTGATATTTCAGTTGAAGTAAATGAAATCAAGAGGTCCGTGGCTTCAACAAGCCGAAGAACAGCTATCCGGTTTGCAGATCTCAAAGTGAGACGATATTGGCTACCTTTGATGATAGGAATTGGATTACTTGTCTTCCAACAGCTATCTGGAACGAATGGTGTTATCTTCTACTCCACTACTATATTTGAGTCAGCTGGAATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787792.1
MGMTDDFEASLQVLRGFDTDISVEVNEIKRSVASTSRRTAIRFADLKVRRYWLPLMIGIGLLVFQQLSGTNGVIFYSTTIFESAGISLSNAATVGVGIIQVIATGVSTWLVTWWTKSGAGFFYLYPLLGWLSVS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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