Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004674`

染色体: Chr01 坐标: 64835682-64837584 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004674`
名称	SmilChr01G004674
描述	UDP-glucuronate 4-epimerase 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	64835682 - 64837584 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005024`
GeneID	`131005024`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005024`
原始查询	`SmilChr01G004674`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glucuronate 4-epimerase 1-like
产物	UDP-glucuronate 4-epimerase 1-like
Arabidopsis	`AT4G30440` (GAE1) UDP-D-glucuronate 4-epimerase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829167] identity=83.8; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0791500` (OsUGlcAE3) - identity=80.4; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01073 (3Beta_HSD); PF01370 (Epimerase); PF02719 (Polysacc_synt_2); PF04321 (RmlD_sub_bind); PF16363 (GDP_Man_Dehyd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057787794.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057787794.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787794.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787794.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787794.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:64836124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:64836238`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:64836276`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C7
`Chr1:64836276`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C7
`Chr1:64836278`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C7
`Chr1:64836278`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C7
`Chr1:64836340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:64836475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr1:64836564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:64837291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:64837387`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787794.1

432 aa

216

432

RmlD_sub_bind

Polysacc_synt_2

Epimerase

3Beta_HSD

GDP_Man_Dehyd

PF04321 RmlD_sub_bind 94-276 aa PF02719 Polysacc_synt_2 94-320 aa PF01370 Epimerase 94-329 aa PF01073 3Beta_HSD 95-319 aa PF16363 GDP_Man_Dehyd 95-414 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787794.1`	Pfam	`PF04321`	RmlD_sub_bind	Domain	94	276	4.8e-14	52.8	RmlD substrate binding domain
`XP_057787794.1`	Pfam	`PF02719`	Polysacc_synt_2	Family	94	320	4e-11	43.4	Polysaccharide biosynthesis protein
`XP_057787794.1`	Pfam	`PF01370`	Epimerase	Family	94	329	3.5e-51	174.7	NAD dependent epimerase/dehydratase family
`XP_057787794.1`	Pfam	`PF01073`	3Beta_HSD	Family	95	319	5.4e-14	52.6	3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family
`XP_057787794.1`	Pfam	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	Domain	95	414	1.1e-46	160.6	GDP-mannose 4,6 dehydratase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931811.1
CAAGTAGATGAGCGTATGTGTAAGCAGAAAAAGCAAACCGTACATTTACAAAGTTACCAAATCCAGCGTTTTTAATCTAACCTCACATTCCTCTCTTCAAAATCGGCAGTCCACTCATTGCTCACTCTCTCTCAGAAAAAAATGTAGAGTTTTGAATTATCCACCCTGGCCGCCCCCCTTCACGCGTATTCATCTGTGGTCTCCCACTATATATTCCTCTCTCCTTCCCCCTTTCCCCTTAGCAGATGTAAACCAATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005024
ATGCCTTCAATGGCCGCGGAAGAACTCTTTCTCCCCTCCACGCCGGGGAAATTCAAGGATAAATCGCACTCGATGCACCGCCAATTGCACCGCTGCTTCGCCTCCACGAGCACCATGTTCCTCTGGGCGCTCTTCCTCGTCGCGCTCACGGCGGCCTACCTCAGCTTCCAATCCTTCGTCGACTCCGGCAGCAAGTACTTCACCACCGCGTGGGGCGGGATCCACTGGGAGAAGCAGGTCCGCGCTTCCGCCCAGATCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787794.1
MPSMAAEELFLPSTPGKFKDKSHSMHRQLHRCFASTSTMFLWALFLVALTAAYLSFQSFVDSGSKYFTTAWGGIHWEKQVRASAQIHRSNGFSVLVTGAAGFVGTHVSLALKKRGDGVVGLDNFNNYYDPALKMSRKELLNSHGVFIVEGDVNDAKMLAKLLEIVHFTHVMHLAAQAGVRYAMENPHSYIHSNIAGLVTLLEACKSADPQPSIVWASSSSVYGLNEKVPFSESDRTDQPASLYAATKKAGEEITHTYNHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器