Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004684`

染色体: Chr01 坐标: 64911604-64917605 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004684`
名称	SmilChr01G004684
描述	histone-lysine N-methyltransferase ASHR3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	64911604 - 64917605 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005033`
GeneID	`131005033`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005033`
原始查询	`SmilChr01G004684`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histone-lysine N-methyltransferase ASHR3
产物	histone-lysine N-methyltransferase ASHR3
Arabidopsis	`AT4G30860` (SDG4) SET domain group 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829210] identity=63.2; qcov=0.784; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0307800` (SDG724) - identity=51.2; qcov=0.411; evalue=8.59e-71; confidence=low
GO	GO:0000785 (chromatin); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046975 (histone H3K36 methyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00856 (SET); PF22908 (PHD_NSD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057787808.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057787808.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787808.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787808.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057787808.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:64912161`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr1:64912161`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr1:64912166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr1:64913296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr1:64914624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:64915705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787808.1

513 aa

256

513

PHD_NSD

SET

PF22908 PHD_NSD 126-176 aa PF00856 SET 347-452 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787808.1`	Pfam	`PF22908`	PHD_NSD	Domain	126	176	4.5e-05	24.4	Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger
`XP_057787808.1`	Pfam	`PF00856`	SET	Family	347	452	5e-26	91.9	SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931825.1
TTTTCAAAAATTATTTTAATGTAATTGCGAGTTTTGGCACAAATGAGAAATTTCATGTTTCCCGCCCAACAGCAGCATCGCCCTTTTCCCACTCAGCTTCTCTTTCACTCCCCAAATCTCCACCCCCTGAATCCCGCCACCCATCCAATGCCAACGTTGGTGGCTGTAAAGGTATAGCGGCTCTACTTTCTTCCACGGCGGAAAAAATGCCATGCCTTAGCAATCTCATCAATTCACCGGCTTCAGCTTTACCAGAGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005033
ATGCCATGCCTTAGCAATCTCATCAATTCACCGGCTTCAGCTTTACCAGAGCTCAAGCCCATTTTCTGTGACCCGAAACGAGACTCAGCTGTAGCCCGGGGGCCCGACCCGGATGCCATGAAACTAGGGCCCAAATCGGAAGAGTCCAATGATGACGTCAAACAAGGAGAATTGAGACGGACCGGTGAAGGAGAAGGAGCAATTGGGAAGGGCCCCAATCCGGAGTTTGACCCGAAGAGGAATCTTGGTTCCTTTCCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787808.1
MPCLSNLINSPASALPELKPIFCDPKRDSAVARGPDPDAMKLGPKSEESNDDVKQGELRRTGEGEGAIGKGPNPEFDPKRNLGSFPGPKHRLNRADEEDGRESERKIQEGIPKFELLFLVGAPKLNQCGVCRSEVHPEEKILCSVRGCKGVFHLICAKERLGFSSSKENQFKCPQHACFLCKQKNHLWRCIRCPIACHDKCAAFPEHVVHIPDQPGEVICWKHPTDWRLEKHEVPANIMKDIFSLLPLPYTEEEFKIDIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器