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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004689

染色体: Chr01 坐标: 64932383-64934344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004689
名称SmilChr01G004689
描述heptahelical transmembrane protein 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64932383 - 64934344 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005037
GeneID131005037
locus_tag-
NCBI NameLOC131005037
原始查询SmilChr01G004689

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heptahelical transmembrane protein 2
产物heptahelical transmembrane protein 2
ArabidopsisAT4G30850 (HHP2)
heptahelical transmembrane protein2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829209]
identity=53.9; qcov=1.09; evalue=1.26e-121; confidence=high
RiceOs06g0643700 (ADIPOR1)
-
identity=45; qcov=0.953; evalue=9.93e-74; confidence=high
GOGO:0009725 (response to hormone); GO:0016020 (membrane); GO:0038023 (signaling receptor activity)
KEGGsmil04081 (Hormone signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03006 (HlyIII)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005037

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057787814.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057787815.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057787815.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057787814.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787814.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64932790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,C72
Chr1:64932823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:64932877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D7
Chr1:64933640 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B13
Chr1:64933640 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B13
Chr1:64933674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787814.1
340 aa
N
1
170
340
HlyIII
C
PF03006 HlyIII 69-325 aa
XP_057787815.1
317 aa
N
1
158
317
HlyIII
C
PF03006 HlyIII 69-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787814.1 Pfam PF03006 HlyIII Family 69 325 7.7e-62 209.6 Haemolysin-III related
XP_057787815.1 Pfam PF03006 HlyIII Family 69 302 1.2e-55 189.3 Haemolysin-III related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931831.1
TGGTTAAAAGTTATAACTGCAAAACATGGAATGTGCGGTGGCAGCGTATTTGCTGGGGGTATAAATACTATGAGGCCTCTCGTATGAAGCTCCATATATAGATAGCTATAGACAAAGCGTGTGCATAGATATATATACATACGCATGATCGGAGCCGGCGAGAAAGAAACCTCAGTGTTCCGGTGGAGATCTCGCCGGGAAAGAGAGAGCTCCTGTTTCCTTTTTCCGGTGGAGATTTATATAGCTAGCTTGTCGATCCG...
XM_057931832.1
TTAAAAGTTATAACTGCAAAACATGGAATGTGCGGTGGCAGCGTATTTGCTGGGGGTATAAATACTATGAGGCCTCTCGTATGAAGCTCCATATATAGATAGCTATAGACAAAGCGTGTGCATAGATATATATACATACGCATGATCGGAGCCGGCGAGAAAGAAACCTCAGTGTTCCGGTGGAGATCTCGCCGGGAAAGAGAGAGCTCCTGTTTCCTTTTTCCGGTGGAGATTTATATAGCTAGCTTGTCGATCCGGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005037
ATGACGACGGCCACGACTTTTCCCAAGCAATTGGCCGCGGCTTACGACGGTTACCAGAAGGTGAGATCGGAGCGGAAGGTGCTCGCGAATTGCGAGGCGGTGTTGATCAATTTCGAGGAGCTGCCCGAGTATATGAAGGATAACGAATTCATTAGGAATTATTACAGATGCGAATGGCCGTTGAAAGATGTTGCTCTCAGCCTTTTCTCTTTGCACAATGAAACATTCAACATTTGGACGCATTTAGTCGGATTTTTCAT...
LOC131005037
ATGACGACGGCCACGACTTTTCCCAAGCAATTGGCCGCGGCTTACGACGGTTACCAGAAGGTGAGATCGGAGCGGAAGGTGCTCGCGAATTGCGAGGCGGTGTTGATCAATTTCGAGGAGCTGCCCGAGTATATGAAGGATAACGAATTCATTAGGAATTATTACAGATGCGAATGGCCGTTGAAAGATGTTGCTCTCAGCCTTTTCTCTTTGCACAATGAAACATTCAACATTTGGACGAATGTGATGGAAGTCTTCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057787814.1
MTTATTFPKQLAAAYDGYQKVRSERKVLANCEAVLINFEELPEYMKDNEFIRNYYRCEWPLKDVALSLFSLHNETFNIWTHLVGFFIFSKMMIMSLTDKTSLRNVMEVFFGRGSDGWLSMMITDSYVSGSLSLHSNDHAGSLPIWPWLIFLSGAMSCLIFSSVSHLFGCHSRRFHYFFWRLDYTGISIMIVCSFFTPIFYIFSDHPYWRFFYLSSVTLLGTAVVVTLLTPSLSTGRSRAFRTTLFLCMGFSGVVPATHAV...
XP_057787815.1
MTTATTFPKQLAAAYDGYQKVRSERKVLANCEAVLINFEELPEYMKDNEFIRNYYRCEWPLKDVALSLFSLHNETFNIWTNVMEVFFGRGSDGWLSMMITDSYVSGSLSLHSNDHAGSLPIWPWLIFLSGAMSCLIFSSVSHLFGCHSRRFHYFFWRLDYTGISIMIVCSFFTPIFYIFSDHPYWRFFYLSSVTLLGTAVVVTLLTPSLSTGRSRAFRTTLFLCMGFSGVVPATHAVILHWDQPQILLSLVYEVLMGLLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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