Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004693`

染色体: Chr01 坐标: 64983060-64985774 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004693`
名称	SmilChr01G004693
描述	nuclear pore complex protein NUP43
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	64983060 - 64985774 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005041`
GeneID	`131005041`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005041`
原始查询	`SmilChr01G004693`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclear pore complex protein NUP43
产物	nuclear pore complex protein NUP43
Arabidopsis	`AT4G30840` (AT4G30840) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829208] identity=47.9; qcov=0.926; evalue=2.52e-107; confidence=high
Rice	`Os08g0266600` - identity=43.5; qcov=0.916; evalue=2.32e-76; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0031080 (nuclear pore outer ring)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057787819.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057787819.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787819.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787819.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057787819.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:64983129`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	53	A2,A22,A25,A5,B107,B117,B12,B131,B135,B18,B28,B31,B33,B35,B40,B41,B47,B48,B49,B52,B56,B61,B72,B76,B8,B83,B85,B93,B94,B96,C10,C11,C2,C27,C29,C32,C50,C55,C59,C62,C65,C68,C69,C7,C72,C74,C79,C80,C82,D1,D10,D11,D2
`Chr1:64983158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr1:64983277`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:64983284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B127,B65,C48
`Chr1:64983346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B66,C1,C83
`Chr1:64983363`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	18	A4,B102,B106,B134,B23,B42,B44,B61,B62,B71,C26,C40,C43,C55,C56,C6,C87,D8
`Chr1:64983434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:64983438`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B131
`Chr1:64983506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B140
`Chr1:64983571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B66,C1,C83,C85
`Chr1:64983582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:64983585`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A1,A10,A21,B111,B114,B121,B128,B36,B41,B50,B61,B82,B87,B97,B98,C17,C28,C36,C38,C49,C59,C63,C75,D10,D2,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931836.1
TCCCTTCTCAGCATGGAAACATCATTTCACCTGCCACCCAAAACCCCCAACCTCAGCTCAAAACCCCCAATTTTTAACCTCAGCCACTCAACAATGGCGCACACCCCAACCCCCGCGCAAGTCCACAAATTCCCCCAGCACACATACATCGACGCCCTCCGGTGGCTGCCCCACCTCTCCACCTTCTCCCGCCACGTCCTCCTCGCGGCCTACGACTCCAACACCTCCACCCCCTCCCTCCAAACACTCACTTTCTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005041
ATGGAAACATCATTTCACCTGCCACCCAAAACCCCCAACCTCAGCTCAAAACCCCCAATTTTTAACCTCAGCCACTCAACAATGGCGCACACCCCAACCCCCGCGCAAGTCCACAAATTCCCCCAGCACACATACATCGACGCCCTCCGGTGGCTGCCCCACCTCTCCACCTTCTCCCGCCACGTCCTCCTCGCGGCCTACGACTCCAACACCTCCACCCCCTCCCTCCAAACACTCACTTTCTCCCCTTCTGAAACCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787819.1
METSFHLPPKTPNLSSKPPIFNLSHSTMAHTPTPAQVHKFPQHTYIDALRWLPHLSTFSRHVLLAAYDSNTSTPSLQTLTFSPSETAPSLIPQASALAPSRITFLKISPSSLSHSRALIASATFSGSLLFHSADLINGFLDLEFSLPEMGFHSWPVSAIDLNENGSECVSVGEDGCVNLVSVSAWKGFMRVYDSKGLVSYSSVKWASPVEFITGAFGFGLHWWDQRKAGGPVALFKDDWTKEAASGIVHTIDIHSSRKHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器