当前解析结果
SmilChr01G004701| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004701 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004701 |
| 描述 | chaperone protein dnaJ 8, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 65126816 - 65129837 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005050 |
|---|---|
| GeneID | 131005050 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005050 |
| 原始查询 | SmilChr01G004701 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chaperone protein dnaJ 8, chloroplastic |
| 产物 | chaperone protein dnaJ 8%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G80920 (J8)Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844432] identity=63.3; qcov=0.708; evalue=6.11e-48; confidence=medium |
| Rice | Os06g0650900 (OsDjC56)- identity=43.1; qcov=0.708; evalue=6.5e-21; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005050 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057787826.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057787826.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787826.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787826.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787826.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:65129550 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787826.1PF00226
DnaJ 48-100 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787826.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 48 | 100 | 1.2e-15 | 58.1 | DnaJ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。