Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004707`

染色体: Chr01 坐标: 65177002-65181214 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004707`
名称	SmilChr01G004707
描述	uncharacterized SmilChr01G004707
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	65177002 - 65181214 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005055`
GeneID	`131005055`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005055`
原始查询	`SmilChr01G004707`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA glycosylase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835908]; symbol=AT5G57970; hit=AT5G57970; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DNA glycosylase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835908]; symbol=AT5G57970; hit=AT5G57970; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G57970` (AT5G57970) DNA glycosylase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835908] identity=54.4; qcov=0.919; evalue=3.88e-124; confidence=high
Rice	`Os06g0649800` (Sdt97) - identity=46.6; qcov=1.03; evalue=2.38e-118; confidence=high
GO	GO:0006284 (base-excision repair); GO:0008725 (DNA-3-methyladenine glycosylase activity)
KEGG	smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03352 (Adenine_glyco)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057787830.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787830.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787830.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057787830.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057787830.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:65177812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:65177879`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C65
`Chr1:65177879`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C65
`Chr1:65179822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787830.1

396 aa

198

396

Adenine_glyco

PF03352 Adenine_glyco 178-352 aa

XP_057787831.1

396 aa

198

396

Adenine_glyco

PF03352 Adenine_glyco 178-352 aa

XP_057787832.1

396 aa

198

396

Adenine_glyco

PF03352 Adenine_glyco 178-352 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787830.1`	Pfam	`PF03352`	Adenine_glyco	Family	178	352	9.2e-62	208.7	Methyladenine glycosylase
`XP_057787831.1`	Pfam	`PF03352`	Adenine_glyco	Family	178	352	9.2e-62	208.7	Methyladenine glycosylase
`XP_057787832.1`	Pfam	`PF03352`	Adenine_glyco	Family	178	352	9.2e-62	208.7	Methyladenine glycosylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931847.1
TTTTCAAATTGGATTTAACTAAAAACCAAACAATTTGAATGTAATTAGTAAAAGGAAATAAAAGAAAAAGGCAGGAAAAGGAAAAGGGAGCTCACAGGTTGCCTTCTTGAGATGGCAAGCATTTAATGAAACATCCATCACTGCCAGCCGCTGATCAACCGCCGCAACAGTTTCTCCTCCCTGCCGGCCAACCCGCGCCGCCGCTCAAGCTCCACCATACTTCTCTGTAGCTAAAATGCGCTCCTATCTCTCTCTATAGA...

XM_057931849.1
GAGATGGCAAGCATTTAATGGTTAGTTTTCTGTTCGCTTCTTCCTACACAAATGCACTCACCTACTCTCTCTGTCTCTCACACACACTCGCTTTTTTTTTTCTTCTCTCTCTCTAGAAACATCCATCACTGCCAGCCGCTGATCAACCGCCGCAACAGTTTCTCCTCCCTGCCGGCCAACCCGCGCCGCCGCTCAAGCTCCACCATACTTCTCTGTAGCTAAAATGCGCTCCTATCTCTCTCTATAGAGTGCTACTTGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131005055
ATGTCTGGACCGCCGATGGTGAAATCGATGAATTTCACCGAATCTGAGGCTCGGCCGGTGCTTGGACCAGCAGGGAATAAAGACAGATCCGTTGAATTGAGAAAACCAGTTGTTAAGCCGAAGAGTGTGGATACGCAGAAGCCTCCTGCCACAGGAGAGGAGAAGGGGAACAGGTCTCCGGCGGCATTGAAGTCTCCGGGAATGCCCGCGGAGAAAATTCCGTCCCCTGTGGGATCCAGGAAGAATGCAGGCGGTGCTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057787830.1
MSGPPMVKSMNFTESEARPVLGPAGNKDRSVELRKPVVKPKSVDTQKPPATGEEKGNRSPAALKSPGMPAEKIPSPVGSRKNAGGAASILRQRQPNLSMNASCSSDASTESSHSRASTGRISRRIANSAPSLKRKPQCSSRGEKFEMVEGYVRSVGSESDDASLDGSLVKKRCAWVTSNTDPLYAAFHDEEWGLPEHDDKKLFELLSFSTALAEITWPVILSKRHIFRDVFLNFDPIAVSKLNEKKISAPGSPGSSLLPE...

XP_057787831.1
MSGPPMVKSMNFTESEARPVLGPAGNKDRSVELRKPVVKPKSVDTQKPPATGEEKGNRSPAALKSPGMPAEKIPSPVGSRKNAGGAASILRQRQPNLSMNASCSSDASTESSHSRASTGRISRRIANSAPSLKRKPQCSSRGEKFEMVEGYVRSVGSESDDASLDGSLVKKRCAWVTSNTDPLYAAFHDEEWGLPEHDDKKLFELLSFSTALAEITWPVILSKRHIFRDVFLNFDPIAVSKLNEKKISAPGSPGSSLLPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器