Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004721`

染色体: Chr01 坐标: 65405552-65406580 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004721`
名称	SmilChr01G004721
描述	uncharacterized SmilChr01G004721
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	65405552 - 65406580 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011649`
GeneID	`131011649`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011649`
原始查询	`SmilChr01G004721`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0587600` - identity=66.7; qcov=0.096; evalue=8.57e-09; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011649

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057795412.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057795412.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795412.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795412.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795412.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:65405584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B44,B93,C52
`Chr1:65405585`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A2,B32,C25,C5,D5
`Chr1:65405585`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A2,B32,C25,C5,D5
`Chr1:65405734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63
`Chr1:65405806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr1:65405853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B5,C63
`Chr1:65405853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C63
`Chr1:65405911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr1:65406017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C16
`Chr1:65406017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:65406050`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,C3,C49
`Chr1:65406062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939429.1
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGTGATTTGAGTGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATTTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTACCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTACTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011649
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGTGATTTGAGTGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATTTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTACCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTACTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795412.1
MSDINKREFTELALDGGNYLTWALDVEIYLASCDLSDAIVPDSSCSSAQKAKALIFLRHHLNKDLKNEYLTEKDPVVLWQSLKDRFDQQKAIILPQAQYDWLNLRFQDFKSVIEYNSTLHRIVSQLKLCKQEVTEIDLIEKTLSTFHASNLVLQQQYRAKNYTRHSELISALLVAEKHNQLLMRNHNARPVGSQAVPEAHATTYRGGRGRGRGKANWSQRGGRGWSYRGGRGRGRGYNHIARFQSHGKGSHKTSHPQEAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器