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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004726`

染色体: Chr01 坐标: 65438511-65439430 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004726`
名称	SmilChr01G004726
描述	uncharacterized SmilChr01G004726
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	65438511 - 65439430 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011665`
GeneID	`131011665`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011665`
原始查询	`SmilChr01G004726`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=24.6; qcov=0.84; evalue=5.62e-13; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011665

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795429.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057795429.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057795429.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795429.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795429.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:65438731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:65439115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr1:65439199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:65439258`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B101,B131,B52,C87
`Chr1:65439284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B85
`Chr1:65439295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B101,B24,B42,B89
`Chr1:65439304`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr1:65439318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr1:65439358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B67,C33,C43,C9
`Chr1:65439367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr1:65439372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B21,B86,C25,C73
`Chr1:65439373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B55,C47,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795429.1

256 aa

128

256

Retrotran_gag_3

PF14244 Retrotran_gag_3 55-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795429.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	55	96	1.4e-06	28.8	Gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939446.1
ATGTCAGAACAAGAAACTTCAGACACAGAAAAAACTAGCCACACCCCACCAAATTTCCCGATGGAATTTGCTGCACAATTTGCAGAATTCCTCAAACAAAGCCTCAGAATTCCAGATTCATCGGCCCATAAACCACCAAACCACGACCAACTTGAATCTTTTGGAGAGATTTCCATCAAGGCGAAACTCAATGGGGAGAATTACCCATTATGGGTTAACCTCATGAAACGGGCAATTGCGGGAAAAGGTTTGACATCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011665
ATGTCAGAACAAGAAACTTCAGACACAGAAAAAACTAGCCACACCCCACCAAATTTCCCGATGGAATTTGCTGCACAATTTGCAGAATTCCTCAAACAAAGCCTCAGAATTCCAGATTCATCGGCCCATAAACCACCAAACCACGACCAACTTGAATCTTTTGGAGAGATTTCCATCAAGGCGAAACTCAATGGGGAGAATTACCCATTATGGGTTAACCTCATGAAACGGGCAATTGCGGGAAAAGGTTTGACATCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795429.1
MSEQETSDTEKTSHTPPNFPMEFAAQFAEFLKQSLRIPDSSAHKPPNHDQLESFGEISIKAKLNGENYPLWVNLMKRAIAGKGLTSHINGVSKPPAIGDPSYTRWEQRDNCVFNWVINNIETGLVNEVSQYAIASDLWEGLAITYGSGSDPFQIYDLHRQAMTIKQESMTLEGLWIKMQDLWISIDTRDPSPTDIEGYQKREERHRLYQFLSALDDKYANIKREIMDKDPLPTVRRAYGLERGNRQEQTRLHTLWR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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