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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004728

染色体: Chr01 坐标: 65459020-65461362 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004728
名称SmilChr01G004728
描述uncharacterized SmilChr01G004728
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65459020 - 65461362 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005073
GeneID131005073
locus_tag-
NCBI NameLOC131005073
原始查询SmilChr01G004728

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838160]; symbol=AT1G15900; hit=AT1G15900; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838160]; symbol=AT1G15900; hit=AT1G15900; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G15900 (AT1G15900)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838160]
identity=58.5; qcov=0.914; evalue=5.3e-29; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005073

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057787855.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057787855.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057787855.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057787855.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65460884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B23,B33,B83,C29
Chr1:65460892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,B84,C59
Chr1:65460944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B131,B90,B92
Chr1:65461013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:65461055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:65461105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931877.1
TCTTGTTTTTTTGGCGGTGAACCATTTATAAAGGCTAAAGAGTAACAGCTCATTACTCTACAACGAAAAAAACTACTCCCACTTCGCTAAATCTTCATCTAAAGTTCGTGTGAAGCAGCGGCGGCGGCAAAACGCGCCGCCCGATGGAAAATGGCGACGACTGGTTGGCCGCCGACAAGCTGTACCACGTTCTTTTCTGCTTCTTCATTTCCGTGGTTTCCTCTCTACTCGCGGCGCGGACTCGCTACCCGTTCCTCCGC...
XM_057931878.1
TCTTGTTTTTTTGGCGGTGAACCATTTATAAAGGCTAAAGAGTAACAGCTCATTACTCTACAACGAAAAAAACTACTCCCACTTCGCTAAATCTTCATCTAAAGTTCGTGTGAAGCAGCGGCGGCGGCAAAACGCGCCGCCCGATGGAAAATGGCGACGACTGGTTGGCCGCCGACAAGCTGTACCACGTTCTTTTCTGCTTCTTCATTTCCGTGGTTTCCTCTCTACTCGCGGCGCGGACTCGCTACCCGTTCCTCCGC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131005073
ATGGAAAATGGCGACGACTGGTTGGCCGCCGACAAGCTGTACCACGTTCTTTTCTGCTTCTTCATTTCCGTGGTTTCCTCTCTACTCGCGGCGCGGACTCGCTACCCGTTCCTCCGCCGCCGCAGCATTTGGATCGGATCACTCGTATCCTTCGCCGCTGGCGCCGCTAAGGAGTTTGCCGACGAGTTCGGCTATTTCAAATCGGCCGGCTCATCTGCCAAGGATGCCGGCGCTGATTTGATCGGGATTCTACTCGCCGC...
LOC131005073
ATGGAAAATGGCGACGACTGGTTGGCCGCCGACAAGCTGTACCACGTTCTTTTCTGCTTCTTCATTTCCGTGGTTTCCTCTCTACTCGCGGCGCGGACTCGCTACCCGTTCCTCCGCCGCCGCAGCATTTGGATCGGATCACTCGTATCCTTCGCCGCTGGCGCCGCTAAGGAGTTTGCCGACGAGTTCGGCTATTTCAAATCGGCCGGCTCATCTGCCAAGGATGCCGGCGCTGATTTGATCGGGATTCTACTCGCCGC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057787855.1
MENGDDWLAADKLYHVLFCFFISVVSSLLAARTRYPFLRRRSIWIGSLVSFAAGAAKEFADEFGYFKSAGSSAKDAGADLIGILLAAMILYLSNCRASTSRTGPDRPGQARELEMV
XP_057787856.1
MENGDDWLAADKLYHVLFCFFISVVSSLLAARTRYPFLRRRSIWIGSLVSFAAGAAKEFADEFGYFKSAGSSAKDAGADLIGILLAAMILYLSNCRASTSRTGPDRPGQARELEMV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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