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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004739

染色体: Chr01 坐标: 65583524-65588628 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004739
名称SmilChr01G004739
描述uncharacterized SmilChr01G004739
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65583524 - 65588628 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005084
GeneID131005084
locus_tag-
NCBI NameLOC131005084
原始查询SmilChr01G004739

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844400]; symbol=AT1G80610; hit=AT1G80610; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844400]; symbol=AT1G80610; hit=AT1G80610; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G80610 (AT1G80610)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844400]
identity=38.3; qcov=1.03; evalue=1.05e-26; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057787873.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787873.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787873.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057787873.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057787873.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65583746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:65583776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:65583820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C25
Chr1:65584027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:65586684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B88,C37,C40
Chr1:65587879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:65587897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B94,C26,C50
Chr1:65587932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:65588017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:65588035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B87,C36,C59
Chr1:65588054 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C51
Chr1:65588054 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931890.1
CACATATATACGTATCACTAAACACACACACTCATGTCATATCTCTGGTCCTCATCTATATAAATATATCATTAATTGTTTATATATATAATAACTCGCCCTCGGATTTTCTTTGCCACCACCATTCCATATTTTCCATCTCCCTTTTTTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAGTAAAGCTCAAAAGCAACAGGCATGGGTGGCGCCGACGAGGAGTGGGTCAAAGCCGCCATGACAGACGACACGATGGTGGTGGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005084
ATGGGTGGCGCCGACGAGGAGTGGGTCAAAGCCGCCATGACAGACGACACGATGGTGGTGGAGCTCCTGGTGCGCCTCCACGGCGCCGTGGCGGCGGCGGCGCCACCGCCGCCGTCGGCTTTCCCACTGGAGTGGAGCGTCCGCCAGAGGCGGTCAAGGTCCGTCACGAAGAAGCTAGCTCGAGCTAGCCCCAGCACGCCGCTGTGGTGGAGCGGCGGCACCTCCCTCAGCGGGGGATCTGGCGGCGCTGGTGCCGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787873.1
MGGADEEWVKAAMTDDTMVVELLVRLHGAVAAAAPPPPSAFPLEWSVRQRRSRSVTKKLARASPSTPLWWSGGTSLSGGSGGAGAGGSEESSRPHSQKLCADARSKLNGNSEKAVSKRSRKKKTLTELKDEENSLLKERRDLKRGIAALRVNLEKQIAKNENLKRIKIELQPQLDREAASATEESVSDNRLHPAGHPITPPLIPDNAVALESNDCPKDTTSSPAFVLPDLNMPFEDPCPDIVCGIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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