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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004745

染色体: Chr01 坐标: 65626950-65627840 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004745
名称SmilChr01G004745
描述uncharacterized SmilChr01G004745
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65626950 - 65627840 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005091
GeneID131005091
locus_tag-
NCBI NameLOC131005091
原始查询SmilChr01G004745

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838145]; symbol=AT1G15760; hit=AT1G15760; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838145]; symbol=AT1G15760; hit=AT1G15760; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G15760 (AT1G15760)
Sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838145]
identity=35.4; qcov=1.06; evalue=1.89e-38; confidence=medium
RiceOs04g0644100
-
identity=70.7; qcov=0.252; evalue=3.64e-24; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057787880.1
2 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057787880.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057787880.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057787880.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057787880.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65627322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr1:65627455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B69
Chr1:65627612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:65627627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931897.1
ATGGACTGGTTCACTTGGTTATCAAAAACAGAGCTCGATCCTTGTGTTGTCTACGAGTACGCCCTCACCTTCACCCACAACGAGCTCGGCCAAGACGACGTAGCCTATTTCAGCCACGAGTTTCTGCAGAGCATGGGCGTCTCGATAGCCAAACACCGGTTGGAGATACTCAAGCTAGCCAGGAAGAAGAAGGGGAGGAGGAGCATATACCCGGTCTTGTGGTTCATGCTTGCAATCAAGCAAACCAAGAACTATGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005091
ATGGACTGGTTCACTTGGTTATCAAAAACAGAGCTCGATCCTTGTGTTGTCTACGAGTACGCCCTCACCTTCACCCACAACGAGCTCGGCCAAGACGACGTAGCCTATTTCAGCCACGAGTTTCTGCAGAGCATGGGCGTCTCGATAGCCAAACACCGGTTGGAGATACTCAAGCTAGCCAGGAAGAAGAAGGGGAGGAGGAGCATATACCCGGTCTTGTGGTTCATGCTTGCAATCAAGCAAACCAAGAACTATGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787880.1
MDWFTWLSKTELDPCVVYEYALTFTHNELGQDDVAYFSHEFLQSMGVSIAKHRLEILKLARKKKGRRSIYPVLWFMLAIKQTKNYVVKHIQALLHHDRLPLSVVPSRNHSLRWKVSMLQRNKRLRAPPGKTEWPVIGSDGPSFVSDPGILMLTNGSPMEGSRSSGSSQSSIWVESEANAESGHITTAEALANPWNSSFSRTTIHSPDRDYWSSSTEEIKWDSMFKNLKPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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