Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004751`

染色体: Chr01 坐标: 65684443-65686426 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004751`
名称	SmilChr01G004751
描述	triphosphate tunnel metalloenzyme 3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	65684443 - 65686426 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005095`
GeneID	`131005095`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005095`
原始查询	`SmilChr01G004751`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	triphosphate tunnel metalloenzyme 3-like
产物	triphosphate tunnel metalloenzyme 3-like
Arabidopsis	`AT2G11890` (AT2G11890) adenylate cyclase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815664] identity=49.8; qcov=1.04; evalue=8.46e-56; confidence=high
Rice	`Os08g0299200` - identity=52.6; qcov=1.04; evalue=3.12e-64; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01928 (CYTH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005095

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057787888.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057787888.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057787888.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787888.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:65685732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C26
`Chr1:65685745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:65686059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:65686124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:65686268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,C1
`Chr1:65686306`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B110,B118,B38,B39,C13,C77,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787888.1

202 aa

101

202

CYTH

PF01928 CYTH 2-189 aa

XP_057787889.1

202 aa

101

202

CYTH

PF01928 CYTH 2-189 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787888.1`	Pfam	`PF01928`	CYTH	Domain	2	189	3.7e-21	76.5	CYTH domain
`XP_057787889.1`	Pfam	`PF01928`	CYTH	Domain	2	189	3.7e-21	76.5	CYTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931906.1
AAAGATCCATATCCGGGAAACTGCACTGGCTCAACTCTAACCGTTTTCTCCGCTCAACCACCATTTCGTATAACTATTATCTCAAAATTCAAATTTTAATCGGGAAAAAGAAATAAATGGAAATTGAAGTAAAGCTCCGGCTGCCGTCCTCCGCCGCCCACGAGCGGCTCTCCACCGTGCTCTCTTCCTACCACCGGCGCACTCACCTCCAAGAGAACCTCTTCTTCGACGGCCCCAAGGCCGAGCTCGCTTCCAACTCG...

XM_057931905.1
ACTGCACTGGCTCAACTCTAACCGTTTTCTCCGCTCAACCACCATTTCGTATAACTATTATCTCAAAATTCAAATTTTAATCGGGAAAAAGAAATAAATGGAAATTGAAGTAAAGCTCCGGCTGCCGTCCTCCGCCGCCCACGAGCGGCTCTCCACCGTGCTCTCTTCCTACCACCGGCGCACTCACCTCCAAGAGAACCTCTTCTTCGACGGCCCCAAGGCCGAGCTCGCTTCCAACTCGGCCGCCCTCCGAATACGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005095
ATGGAAATTGAAGTAAAGCTCCGGCTGCCGTCCTCCGCCGCCCACGAGCGGCTCTCCACCGTGCTCTCTTCCTACCACCGGCGCACTCACCTCCAAGAGAACCTCTTCTTCGACGGCCCCAAGGCCGAGCTCGCTTCCAACTCGGCCGCCCTCCGAATACGTTTCTACGACCTCGACTCCCGCTGCGTTCTCTCTCTAAAATCGAAGCCCCAAATCTCAGGCGGAATCAGCCGCATCGAGGAGCAGGAGGAGCCCCTCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057787888.1
MEIEVKLRLPSSAAHERLSTVLSSYHRRTHLQENLFFDGPKAELASNSAALRIRFYDLDSRCVLSLKSKPQISGGISRIEEQEEPLDPAVGRLCAADPSRLLLIESSDITRRVREEFDLGGKGLVCLGGFRNVRGVYEWNGLKLELDETLYSFGTSYEVECESSEPEVAKNLIEGLLQSNGIEYQYSETSKFAIFRSGKLPE

XP_057787889.1
MEIEVKLRLPSSAAHERLSTVLSSYHRRTHLQENLFFDGPKAELASNSAALRIRFYDLDSRCVLSLKSKPQISGGISRIEEQEEPLDPAVGRLCAADPSRLLLIESSDITRRVREEFDLGGKGLVCLGGFRNVRGVYEWNGLKLELDETLYSFGTSYEVECESSEPEVAKNLIEGLLQSNGIEYQYSETSKFAIFRSGKLPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器