当前解析结果
SmilChr01G004753| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004753 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004753 |
| 描述 | plant intracellular Ras-group-related LRR protein 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 65740018 - 65742746 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005097 |
|---|---|
| GeneID | 131005097 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005097 |
| 原始查询 | SmilChr01G004753 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | plant intracellular Ras-group-related LRR protein 3-like |
| 产物 | plant intracellular Ras-group-related LRR protein 3-like |
| Arabidopsis | AT5G05850 (PIRL1)plant intracellular ras group-related LRR 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830470] identity=49.9; qcov=1.01; evalue=9.99e-148; confidence=high |
| Rice | Os02g0593600 (OsIRL2)- identity=45.7; qcov=0.96; evalue=1.99e-129; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005097 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057787891.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057787891.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057787891.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057787891.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787891.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:65740281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B88,B99,C31 |
Chr1:65740290 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B87,C36,C59 |
Chr1:65740506 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,C26 |
Chr1:65741538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:65741857 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B32,B87,C36,C59 |
Chr1:65742094 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr1:65742153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr1:65742275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B79,B98,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787891.1PF13855
LRR_8 231-282 aa
PF13855
LRR_8 271-328 aa
PF00560
LRR_1 294-315 aa
PF13855
LRR_8 341-396 aa
PF13855
LRR_8 405-446 aa
PF00560
LRR_1 412-433 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787891.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 231 | 282 | 1e-28 | 99.6 | Leucine rich repeat |
XP_057787891.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 271 | 328 | 1e-28 | 99.6 | Leucine rich repeat |
XP_057787891.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 294 | 315 | 1.7e-16 | 57.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057787891.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 341 | 396 | 1e-28 | 99.6 | Leucine rich repeat |
XP_057787891.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 405 | 446 | 1e-28 | 99.6 | Leucine rich repeat |
XP_057787891.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 412 | 433 | 1.7e-16 | 57.4 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。