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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004772

染色体: Chr01 坐标: 65905160-65908903 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004772
名称SmilChr01G004772
描述zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65905160 - 65908903 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005112
GeneID131005112
locus_tag-
NCBI NameLOC131005112
原始查询SmilChr01G004772

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2
产物zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2
ArabidopsisAT1G18560 (AT1G18560)
BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838437]
identity=53.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0111400
-
identity=45.2; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF02892 (zf-BED); PF05699 (Dimer_Tnp_hAT); PF14372 (hAT-like_RNase-H); PF27039 (ZBED1_RNase-like_helical); PF27041 (ZBED1_RNase-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005112

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057787907.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057787908.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787907.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057787907.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057787907.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65905443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B127,B79,B98,D10
Chr1:65905508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:65905637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B117,C57
Chr1:65905863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B117,C57
Chr1:65905880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:65906171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:65906201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B127,B79,B98,D10
Chr1:65906625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B18,B29,B94,C17
Chr1:65907081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B18,B29,B94,C17
Chr1:65907204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B18,B29,B94,C17
Chr1:65907863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B104,B63,B78,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787907.1
688 aa
N
1
344
688
zf-BED
ZBED1_RNase-like
ZBED1_RNase-like_helical
hAT-like_RNase-H
Dimer_Tnp_hAT
C
PF02892 zf-BED 74-115 aa PF27041 ZBED1_RNase-like 222-290 aa PF27039 ZBED1_RNase-like_helical 307-419 aa PF14372 hAT-like_RNase-H 447-522 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 568-648 aa
XP_057787908.1
600 aa
N
1
300
600
ZBED1_RNase-like
ZBED1_RNase-like_helical
hAT-like_RNase-H
Dimer_Tnp_hAT
C
PF27041 ZBED1_RNase-like 134-202 aa PF27039 ZBED1_RNase-like_helical 219-331 aa PF14372 hAT-like_RNase-H 359-434 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 480-560 aa
XP_057787909.1
600 aa
N
1
300
600
ZBED1_RNase-like
ZBED1_RNase-like_helical
hAT-like_RNase-H
Dimer_Tnp_hAT
C
PF27041 ZBED1_RNase-like 134-202 aa PF27039 ZBED1_RNase-like_helical 219-331 aa PF14372 hAT-like_RNase-H 359-434 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 480-560 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787907.1 Pfam PF02892 zf-BED Domain 74 115 4.7e-06 27.2 BED zinc finger
XP_057787907.1 Pfam PF27041 ZBED1_RNase-like Domain 222 290 6.9e-22 78.1 ZBED1 RNase-like domain
XP_057787907.1 Pfam PF27039 ZBED1_RNase-like_helical Domain 307 419 3.1e-33 114.9 ZBED1 RNase-like helical domain
XP_057787907.1 Pfam PF14372 hAT-like_RNase-H Domain 447 522 5.4e-06 27.3 hAT-like transposase, RNase-H fold
XP_057787907.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 568 648 5.6e-19 68.4 hAT family C-terminal dimerisation region
XP_057787908.1 Pfam PF27041 ZBED1_RNase-like Domain 134 202 3.2e-22 79.2 ZBED1 RNase-like domain
XP_057787908.1 Pfam PF27039 ZBED1_RNase-like_helical Domain 219 331 3.5e-33 114.7 ZBED1 RNase-like helical domain
XP_057787908.1 Pfam PF14372 hAT-like_RNase-H Domain 359 434 4.5e-06 27.5 hAT-like transposase, RNase-H fold
XP_057787908.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 480 560 4.3e-19 68.8 hAT family C-terminal dimerisation region
XP_057787909.1 Pfam PF27041 ZBED1_RNase-like Domain 134 202 3.2e-22 79.2 ZBED1 RNase-like domain
XP_057787909.1 Pfam PF27039 ZBED1_RNase-like_helical Domain 219 331 3.5e-33 114.7 ZBED1 RNase-like helical domain
XP_057787909.1 Pfam PF14372 hAT-like_RNase-H Domain 359 434 4.5e-06 27.5 hAT-like transposase, RNase-H fold
XP_057787909.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 480 560 4.3e-19 68.8 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931926.1
GGCTCTGCATATTAAAGACGTGAACAGCTATCTATCTCTCTCTAATCTCAGCATTTTCTTGCTTTTGGCCTTCCCTCAGATTTTTTTCTTTCGGCGGCTCAGATGCGGCTCGCTCTACAATCTCAGCTCCAACTCTTTCAATTAAACTTCAAAAAAACTTCCTCCTCTCTCCTTTCTCTCTCCTCTTCCCTCCATTTTTTTCCTCGCTCTTATCAATTGATCAAAAACGCTAAGAACTTCATGTGCGCGACCTTGGATTC...
XM_057931925.1
GGCTCTGCATATTAAAGACGTGAACAGCTATCTATCTCTCTCTAATCTCAGCATTTTCTTGCTTTTGGCCTTCCCTCAGATTTTTTTCTTTCGGCGGCTCAGATGCGGCTCGCTCTACAATCTCAGCTCCAACTCTTTCAATTAAACTTCAAAAAAACTTCCTCCTCTCTCCTTTCTCTCTCCTCTTCCCTCCATTTTTTTCCTCGCTCTTATCAATTGATCAAAAACGCTAAGAACTTCATGTGCGCGACCTTGGATTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005112
ATGGATTGGGGTTTTAACAATGCATACAGTAACCATTCGCTGAAAGGTAATTTGGGGAGGCATCTCACCAATCGGCACCCAGGATATGATATGGGGGATTGCTCCAACAGCCCTGCTCCACAGCCTGTGACTGTTGCTAGGAAACCTCAAATGCCAACTAAATCACCGGCAGTGGAGGTTGACCACTTGAATTGGTTGCTTGTTAAATGGCTCCTTGAAGCATCCCTTCCAACTTCTAGTTTGGCAGAAAAATGGCTGAC...
LOC131005112
ATGGATTGGGGTTTTAACAATGCATACAGTAACCATTCGCTGAAAGGTAATTTGGGGAGGCATCTCACCAATCGGCACCCAGGATATGATATGGGGGATTGCTCCAACAGCCCTGCTCCACAGCCTGTGACTGTTGCTAGGAAACCTCAAATGCCAACTAAATCACCGGCAGTGGAGGTTGACCACTTGAATTGGTTGCTTGTTAAATGGCTCCTTGAAGCATCCCTTCCAACTTCTAGTTTGGCAGAAAAATGGCTGAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057787907.1
MDWGFNNAYSNHSLKVDMDPKSLAIIPQIDPVDIGSGSLEKGSNVPNTKPGSGSLEKGSNVPNTKPRKKTMTSVYLKYFETVMDGKSRRCKFCGQSYSIATATGNLGRHLTNRHPGYDMGDCSNSPAPQPVTVARKPQMPTKSPAVEVDHLNWLLVKWLLEASLPTSSLAEKWLTNTFKFLNPSFELWKVEKFHKVLREVFRSMQETVRLTLEQVSSKVSITLDSWTSYQQIKYMSVSCQWIDESWSFRNILLDVCHIPS...
XP_057787908.1
MDWGFNNAYSNHSLKGNLGRHLTNRHPGYDMGDCSNSPAPQPVTVARKPQMPTKSPAVEVDHLNWLLVKWLLEASLPTSSLAEKWLTNTFKFLNPSFELWKVEKFHKVLREVFRSMQETVRLTLEQVSSKVSITLDSWTSYQQIKYMSVSCQWIDESWSFRNILLDVCHIPSPWGSSEIYYVLLKVLRLYNLETKILSCTLKGDIDCQKLATLCCVPCVPCAAYTLNSIVTDGLRSTERVIMKIREFVMELNLSPEMSED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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