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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004782

染色体: Chr01 坐标: 66010632-66013803 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004782
名称SmilChr01G004782
描述cytochrome P450 71A8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66010632 - 66013803 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005120
GeneID131005120
locus_tag-
NCBI NameLOC131005120
原始查询SmilChr01G004782

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71A8-like
产物cytochrome P450 71A8-like
ArabidopsisAT3G48280 (CYP71A25)
cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823986]
identity=48.9; qcov=0.982; evalue=6.65e-160; confidence=high
RiceOs09g0441100
-
identity=40.8; qcov=0.96; evalue=3.69e-128; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057787917.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057787917.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787917.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787917.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787917.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66011452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B45,C50,C62
Chr1:66011586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:66011632 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr1:66011632 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A11
Chr1:66011684 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr1:66011684 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 A11
Chr1:66011749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:66013158 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C86
Chr1:66013158 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C86
Chr1:66013569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787917.1
500 aa
N
1
250
500
p450
C
PF00067 p450 35-480 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787917.1 Pfam PF00067 p450 Domain 35 480 9.4e-107 358.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931934.1
TTGCTCGGTTCAACAAAAAATTATTGATGATTTTTGGAGTCCTATCTGCAAATTCAAACAATATTATATTCATGCTTTTTGGAGTCCTATTTCAAATCTCTTAATATTGTTTTGATGGATAGGTACATCCCCTGTATTATAAAACTATATGATTGTCAACCTTACTATTTGTGGACATTTATTCGTACCCACTACTTAAATGGAACCTTACCACAACAGCAATACCTTATCCCAAAAACAGAATGGAAGAATTTAAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005120
ATGGAAGAATTTAAAATCAATCTCTTAGTATTTATCACATTTGCAATCCTGCTATGGTCCATTTCAAAATGGCTCCTGAAACCTTCCGGAAGCAAGAACCGACCGCCATCGCCGCAGGCGCTGCCGGTGCTCGGAAACCTCCACCAGCTGAGCCTCCTGCCCCACCGCGATTTCCTCACCCTGTCAAAGAAACACGGGCCGTTCATGCTACTCCACTTCGGCCGCGTGCCGGTCCTGGTGGCCTCCTCGGCGGATGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787917.1
MEEFKINLLVFITFAILLWSISKWLLKPSGSKNRPPSPQALPVLGNLHQLSLLPHRDFLTLSKKHGPFMLLHFGRVPVLVASSADAASEIMKNHDISFADRPLYKAHRKILYNGRDVVFAPYGEYWRQARGNFVLKLLSNKRVQSFRPIREEETALLVRKIRESSGAVNLSHMFFKFTYDGVCRSAFGRTYSESEKGSKFLVLMTEMTEALGAISIGEFIPWLRWVDRITGFDKKVERIANGLDGVLESVIQERLENLQV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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