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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004793

染色体: Chr01 坐标: 66166658-66169694 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004793
名称SmilChr01G004793
描述cytochrome P450 71A8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66166658 - 66169694 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005129
GeneID131005129
locus_tag-
NCBI NameLOC131005129
原始查询SmilChr01G004793

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71A8-like
产物cytochrome P450 71A8-like
ArabidopsisAT3G48280 (CYP71A25)
cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823986]
identity=50.4; qcov=0.967; evalue=1.27e-167; confidence=high
RiceOs09g0275400
-
identity=42.6; qcov=0.933; evalue=2.8e-135; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057787926.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057787926.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787926.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787926.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787926.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787926.1
511 aa
N
1
256
511
p450
C
PF00067 p450 49-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787926.1 Pfam PF00067 p450 Domain 49 493 5.2e-104 349.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931943.1
TATGATTCAGACAAACAACGACAAGCAACACTACTATAAAAATCCATGTCCAACACACCCAGTTCTTCACACACCTCAACCATGGAGGAACTTCAACTGAATCCCTTCATTCTCACAACTCTTCTCTCTCTCATCATTTTATGGTCCATCAACATAGTATTCCTTAAACCTAGGACAAAGCTAAAAGTCCCCCCTTCCCCACCAAAGCTACCAATAATCGGAAACCTACATCAACTTGGATCATCACTCCCCCACCGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005129
ATGTCCAACACACCCAGTTCTTCACACACCTCAACCATGGAGGAACTTCAACTGAATCCCTTCATTCTCACAACTCTTCTCTCTCTCATCATTTTATGGTCCATCAACATAGTATTCCTTAAACCTAGGACAAAGCTAAAAGTCCCCCCTTCCCCACCAAAGCTACCAATAATCGGAAACCTACATCAACTTGGATCATCACTCCCCCACCGTGATCTCCATTCTTTAGCCAAAAAGCACGGCCCTCTGATGCTCCTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787926.1
MSNTPSSSHTSTMEELQLNPFILTTLLSLIILWSINIVFLKPRTKLKVPPSPPKLPIIGNLHQLGSSLPHRDLHSLAKKHGPLMLLHLGSVPVLIVSSAEFACEIMKTHDILFANRPGFKAMKKLFYDCRDVAFSPYGEYWRHMKSIVVLQLLSNKRVQSFSTIREEETALLVRKIRESSGPVDLSAMFARFSNDGIGRSAFGGKLSDSENGKKFLHAMTELMELSGIIDISDYIPWLGWIGRLNGIDKRLDNTAKEMDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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