Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004801`

染色体: Chr01 坐标: 66228950-66232834 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004801`
名称	SmilChr01G004801
描述	probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66228950 - 66232834 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005136`
GeneID	`131005136`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005136`
原始查询	`SmilChr01G004801`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 2
产物	probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 2
Arabidopsis	`AT3G57520` (SIP2) seed imbibition 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824919] identity=53.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0481100` - identity=62; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05691 (Raffinose_syn)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005136

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057787934.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057787934.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787934.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787934.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787934.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66229266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:66229314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:66229374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:66229382`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B18
`Chr1:66229382`	`T`	`TTG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B18
`Chr1:66229626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,C1,C51,C67
`Chr1:66229637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B99,C31
`Chr1:66229703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B88,B99,C31
`Chr1:66230082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr1:66230261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C56
`Chr1:66230662`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr1:66230843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B95,C14,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787934.1

653 aa

326

653

Raffinose_syn

PF05691 Raffinose_syn 9-653 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787934.1`	Pfam	`PF05691`	Raffinose_syn	Family	9	653	2.1e-231	770.6	Raffinose synthase or seed imbibition protein Sip1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931951.1
TCGATGCCTATGTTATTTATAAAGGATGGTTTGGATGCTTTTGTCTAGATTTTGCTATAAAACCACCCGATTTTGGTTCTTTGTTTCTCACCCCTCATTTCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTACATCTTGTACTAGAAGTTTGCTACAAAAGTTAGTTAGAAGGGAAAAACAACGTAGAATTCATAGTGGAAAATGACGATCACAGCAGTTCCGGTCATAAAAAATGGTTGCCTTATGGTGAGAGGCAAGGTTGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005136
ATGACGATCACAGCAGTTCCGGTCATAAAAAATGGTTGCCTTATGGTGAGAGGCAAGGTTGTCCTAACTGGAGTGCCAGACAACGTTGTTGTCTCTCCGGCAAGCTCGGGATCAGCCTTCATGGGGGCCAATGCCCCCACCTCCAGTTCTTTCCATGTCATCGATCTTGGAATTCTTGAGAATTGCAAGTTTATGTGCTTATTTATAGCCAAAATTTGGTGGATGATACCACGAGTTGGGAAATCAGCGAGTGAAATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787934.1
MTITAVPVIKNGCLMVRGKVVLTGVPDNVVVSPASSGSAFMGANAPTSSSFHVIDLGILENCKFMCLFIAKIWWMIPRVGKSASEIPMETQMLLLEVGEDSVLGVVEDEAPATGHNKFYVLVLAVLDGLFRTTLQGTASNELQFCYQSGDAAVETSQALEGVFINSGENPFELITDSVKILSKHKGTFTHLENKKTPAHLDWFGWCTWDAFYTEVSPKGIKDGLESFKEGGICPKFLIIDDGWQETVNEFQKEGEPPIEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器