Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004809`

染色体: Chr01 坐标: 66295340-66297444 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004809`
名称	SmilChr01G004809
描述	leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66295340 - 66297444 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005143`
GeneID	`131005143`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005143`
原始查询	`SmilChr01G004809`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
产物	leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
Arabidopsis	`AT2G31880` (SOBIR1) Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817746] identity=57.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0288100` (PK) - identity=51.9; qcov=0.692; evalue=5.6e-150; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005143

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057787943.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787943.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787943.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787943.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057787943.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66295410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:66295429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:66295491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B139,D10
`Chr1:66295522`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:66295566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,C14,C74
`Chr1:66295870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:66295896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:66295948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:66296290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B52,B76,B8
`Chr1:66296977`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,C1,C5,C51,C67
`Chr1:66296995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787943.1

637 aa

318

637

LRR_8

LRR_1

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF13855 LRR_8 97-156 aa PF00560 LRR_1 98-118 aa PF00560 LRR_1 121-143 aa PF00560 LRR_1 168-188 aa PF00069 Pkinase 343-577 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 344-564 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787943.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	97	156	1.2e-14	54.5	Leucine rich repeat
`XP_057787943.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	98	118	3.5e-14	50.6	Leucine Rich Repeat
`XP_057787943.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	121	143	3.5e-14	50.6	Leucine Rich Repeat
`XP_057787943.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	168	188	3.5e-14	50.6	Leucine Rich Repeat
`XP_057787943.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	343	577	6.5e-43	147.7	Protein kinase domain
`XP_057787943.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	344	564	1.9e-38	133.0	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931960.1
ATGGCACTACCTCGCCATGAATCCTCTCTCTTTCTCCTCTGTTTCTTCACATTGACTATCATTGCTCAATCAAAACTCAGTCTTCTCCCCTCTGACCATGAGGCCCTCTTGCAGATACAAAACGACTTAGGCATCAAGCCTACTCCGGCAGGCGATCTCTGCGATTCCGCCGGAGTTCTCTGCGAACGACGAATCGTTAATGATTCGTACGTTCTTAGAGTTGTTGGGATTGTCATCGAATCCCAACAGCTCAATGGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005143
ATGGCACTACCTCGCCATGAATCCTCTCTCTTTCTCCTCTGTTTCTTCACATTGACTATCATTGCTCAATCAAAACTCAGTCTTCTCCCCTCTGACCATGAGGCCCTCTTGCAGATACAAAACGACTTAGGCATCAAGCCTACTCCGGCAGGCGATCTCTGCGATTCCGCCGGAGTTCTCTGCGAACGACGAATCGTTAATGATTCGTACGTTCTTAGAGTTGTTGGGATTGTCATCGAATCCCAACAGCTCAATGGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787943.1
MALPRHESSLFLLCFFTLTIIAQSKLSLLPSDHEALLQIQNDLGIKPTPAGDLCDSAGVLCERRIVNDSYVLRVVGIVIESQQLNGKISPAIGQLSELKEVSLQNNQISDQIPPQIIHCQKLKVLNLGNNLFSGKLPAGFSSLVRLRILDLSSNKFAGNLKFLKQFPNLEKLNLANNMFEGKVPASLTAFRNLKFINISGNSLLEGPVPSMNDQLEQYLSADLAEEESIPKRYVFAERNQSNPAMAPSSWSMANAQAPSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器