Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004828

染色体: Chr01 坐标: 66432362-66433478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004828
名称SmilChr01G004828
描述uncharacterized SmilChr01G004828
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66432362 - 66433478 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005164
GeneID131005164
locus_tag-
NCBI NameLOC131005164
原始查询SmilChr01G004828

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770505]; symbol=AT4G14315; hit=AT4G14315; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770505]; symbol=AT4G14315; hit=AT4G14315; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G14315 (AT4G14315)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770505]
identity=39; qcov=0.881; evalue=7.34e-06; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005164

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057787965.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057787965.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057787965.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787965.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787965.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66432894 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 15 B12,B120,B134,B41,B56,B84,B85,B96,C10,C46,C52,C55,C72,C82,D4
Chr1:66432987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A5,C1,C87
Chr1:66433068 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A11,B136,B16,B35
Chr1:66433068 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 A11,B136,B16,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931982.1
TCTCTATTTTATATGTGACGAGACAAATTTGACTAGAGGAACAACTTAAACAGGACTACTAGTGGCAGTTCCAAGGGTTGAAGAAACTTCCATTTCCAAGGCCTGAGTTTTTCATATAGTCTTCTTCTCTTCCATTTCCATTTCTTTCCCTCAGATTTCGAGCCAGTTTTTGTTTTAGTTTGGATTTGGAAGCACTGAAATGTTGCGCCTCTTGAAATTTAGAAGCGAAGGATTATTTGTACAAACGAATCCAAACGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005164
ATGGCGCAGGAGGAGGCTGAGTACGGCGGATGGGGGGCGGGCTCGGTGGTGGCGATGCTCTTTATAGTAATACTACTACTGCTTCTGCCGCTGGGGATGGCGCCCGGCCCCGTCCAGCCGCCCTCGATGTCGCTGCTCTTCATCTTCCCGCTCTCAATGGCTGTCATCCTCATTTTCCTCTTCCAAGCCTCCAAGACTGATTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787965.1
MAQEEAEYGGWGAGSVVAMLFIVILLLLLPLGMAPGPVQPPSMSLLFIFPLSMAVILIFLFQASKTD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器