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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004835

染色体: Chr01 坐标: 66481641-66484291 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004835
名称SmilChr01G004835
描述uncharacterized SmilChr01G004835
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66481641 - 66484291 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005172
GeneID131005172
locus_tag-
NCBI NameLOC131005172
原始查询SmilChr01G004835

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=high
产物hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G41980 (AT5G41980)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203]
identity=35; qcov=1.05; evalue=4.37e-40; confidence=low
RiceOs03g0643050
-
identity=45.6; qcov=1.05; evalue=4.17e-62; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005172

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057787974.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057787974.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057787974.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787974.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057787974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66481867 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C83
Chr1:66481867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:66481869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B31,B40,B59
Chr1:66481891 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr1:66481891 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr1:66481931 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 8 B123,B132,B52,B6,C1,C67,C76,C9
Chr1:66481940 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A10,A7,B1,B117,B121,B124,B139,B19,B20,B23,B30,B4,B51,B57,B67,B72,B82,C1,C20,C41,C63,C65,C69,C74
Chr1:66481958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B15,B50,B77,C21
Chr1:66482003 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 22 A18,A21,B103,B106,B107,B113,B119,B121,B134,B27,B37,B38,B45,B58,B61,B93,C3,C34,C58,C65,C70,D8
Chr1:66482013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:66482039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,D2
Chr1:66482061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787974.1
215 aa
N
1
108
215
DDE_Tnp_4
DDE_Tnp_1
Plant_tran
C
PF13359 DDE_Tnp_4 4-154 aa PF01609 DDE_Tnp_1 7-152 aa PF04827 Plant_tran 98-157 aa
XP_057787975.1
215 aa
N
1
108
215
DDE_Tnp_4
DDE_Tnp_1
Plant_tran
C
PF13359 DDE_Tnp_4 4-154 aa PF01609 DDE_Tnp_1 7-152 aa PF04827 Plant_tran 98-157 aa
XP_057787976.1
215 aa
N
1
108
215
DDE_Tnp_4
DDE_Tnp_1
Plant_tran
C
PF13359 DDE_Tnp_4 4-154 aa PF01609 DDE_Tnp_1 7-152 aa PF04827 Plant_tran 98-157 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787974.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 4 154 1.2e-21 77.8 DDE superfamily endonuclease
XP_057787974.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 7 152 4.9e-08 33.7 Transposase DDE domain
XP_057787974.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 98 157 2.2e-07 31.4 Plant transposon protein
XP_057787975.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 4 154 1.2e-21 77.8 DDE superfamily endonuclease
XP_057787975.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 7 152 4.9e-08 33.7 Transposase DDE domain
XP_057787975.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 98 157 2.2e-07 31.4 Plant transposon protein
XP_057787976.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 4 154 1.2e-21 77.8 DDE superfamily endonuclease
XP_057787976.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 7 152 4.9e-08 33.7 Transposase DDE domain
XP_057787976.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 98 157 2.2e-07 31.4 Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931993.1
CATGTTTGATTGGGCCTTTAAGCCAACATAAAGAGGTCATAATAGAAGTTTTCGCTGATTGGTTTCCTTTAAAAATAGCAAAGAGGGCCCGCTGTTGTATGAAGGCCCGCTCCACATTTCACTGTTCCTCCAAGGAATTAGAACCCGCAGCTACCCTCAGATTAATTTCCATGGCTTCTACAGTGATTTCCACGAAATTCGATGATTCCAAAACTGTGGTTGTCGTCTTCAACACGAGAAATTTCGCATCGTCGTCTTCA...
XM_057931992.1
CATGTTTGATTGGGCCTTTAAGCCAACATAAAGAGGTCATAATAGAAGTTTTCGCTGATTGGTTTCCTTTAAAAATAGCAAAGAGGGCCCGCTGTTGTATGAAGGCCCGCTCCACATTTCACTGTTCCTCCAAGGAATTAGAACCCGCAGCTACCCTCAGATTAATTTCCATGGCTTCTACAGTGATTTCCACGAAATTCGATGATTCCAGTTTTGCCCTCAAATTCATTTCAAAATATCGCATTTCCCTCTTCAGATAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005172
ATGGTGCCAACGAATGATAGGCCACGCTACAGGACGCGTAAGGGGCAGATCGCAACCAATACACTAGCAGTGTGCGATCGTCAAATGCAATTCGTGTATGTTCTCCCTGGTTGGGAAGGTTCCGCCGCCGATTCAAGGGTACTCCGCGATGCACTCACGAGGGTACATGGGTTTAGAGTGCCAAGAGGAAACTACTACTTGTGCGACAACGGCTACGCTAACTGTGACGGCTTTTTGGCACCCTACAAAGGCGTGAGATA...
LOC131005172
ATGGTGCCAACGAATGATAGGCCACGCTACAGGACGCGTAAGGGGCAGATCGCAACCAATACACTAGCAGTGTGCGATCGTCAAATGCAATTCGTGTATGTTCTCCCTGGTTGGGAAGGTTCCGCCGCCGATTCAAGGGTACTCCGCGATGCACTCACGAGGGTACATGGGTTTAGAGTGCCAAGAGGAAACTACTACTTGTGCGACAACGGCTACGCTAACTGTGACGGCTTTTTGGCACCCTACAAAGGCGTGAGATA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057787974.1
MVPTNDRPRYRTRKGQIATNTLAVCDRQMQFVYVLPGWEGSAADSRVLRDALTRVHGFRVPRGNYYLCDNGYANCDGFLAPYKGVRYHLKEWGPLAGRPQNARELFNLRHAKARNAIERAFGVMKMRWAILRSSSYYPVKVQNRLIMACFVLHNFIRSNMVVDPIEQQFDNQAAEMENMDLEGGEYVDGVEPSPAWTAAREDLAQQMWQQYIEMR
XP_057787975.1
MVPTNDRPRYRTRKGQIATNTLAVCDRQMQFVYVLPGWEGSAADSRVLRDALTRVHGFRVPRGNYYLCDNGYANCDGFLAPYKGVRYHLKEWGPLAGRPQNARELFNLRHAKARNAIERAFGVMKMRWAILRSSSYYPVKVQNRLIMACFVLHNFIRSNMVVDPIEQQFDNQAAEMENMDLEGGEYVDGVEPSPAWTAAREDLAQQMWQQYIEMR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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