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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004838

染色体: Chr01 坐标: 66511258-66520447 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004838
名称SmilChr01G004838
描述methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66511258 - 66520447 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005175
GeneID131005175
locus_tag-
NCBI NameLOC131005175
原始查询SmilChr01G004838

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating], mitochondrial-like
产物methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G14170 (ALDH6B2)
aldehyde dehydrogenase 6B2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815903]
identity=67.7; qcov=0.643; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0188800 (OsALDH6B2)
-
identity=65.6; qcov=0.612; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004491 (methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating, NAD) activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006210 (thymine catabolic process); GO:0006574 (L-valine catabolic process); GO:0018478 (malonate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating) activity)
KEGGsmil00280 (Valine, leucine and isoleucine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00640 (Propanoate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00171 (Aldedh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057787989.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057787989.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057787989.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787989.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66511750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,C27,C75
Chr1:66512255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B137,B44,C49
Chr1:66513275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:66514220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:66514227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B87,C36,C59
Chr1:66516839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:66517707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B127,B79,B98,C50
Chr1:66518038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:66519307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787989.1
800 aa
N
1
400
800
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 221-685 aa
XP_057787990.1
799 aa
N
1
400
799
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 220-684 aa
XP_057787991.1
799 aa
N
1
400
799
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 220-684 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787989.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 221 685 4.7e-130 435.0 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057787990.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 220 684 4.6e-130 435.0 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057787991.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 220 684 4.6e-130 435.0 Aldehyde dehydrogenase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095211.1
CTAGGGTTATAGCTATCTCCAGTTCCCCATCGTTGCTTCCACTCTCTTCTCACATTTCCCTTTTTAAAACAAATTAGAAATAAAAAGAAAAGACAAAATAAATAAAGTAAACAGAAAACGGCCGTCTCACTTCCGACTCGGAAAATATCAGCATTCCCCACCGCAGGTTTCATCTCCGTCTAACTCTGTCGCCGCCTATAGGTTTTCCCTTTGCGGGATCTGCCCTGACCAGTTACATGGAGTTCGATGAAACTCCACAG...
XM_057932007.1
TAGGGTTATAGCTATCTCCAGTTCCCCATCGTTGCTTCCACTCTCTTCTCACATTTCCCTTTTTAAAACAAATTAGAAATAAAAAGAAAAGACAAAATAAATAAAGTAAACAGAAAACGGCCGTCTCACTTCCGACTCGGAAAATATCAGCATTCCCCACCGCAGGTTTCATCTCCGTCTAACTCTGTCGCCGCCTATAGGTTTTCCCTTTGCGGGATCTGCCCTGACCAGTTACATGGAGTTCGATGAAACTCCACAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005175
ATGGAGTTCGATGAAACTCCACAGATGCTCCCACCTCCACCTGGGAGTTTCATCGATCGCGAAGAACTTATTGAACATGTTGGGGAGTTCGCCGTCTCTCAGGGATATGTTGTCACCATTAAACAGTCTAAGAAGGAAAGAGTTGTAGTCCTTGGTTGTGACAGAGGAGGTGTTTATCGAGATAGGCGCAAACCTATTGATGATGCCACTGGTGAACCTCTGCGCAAAAGGAAATCTGGTTCTCGACTGACGAACTGCCC...
LOC131005175
ATGGAGTTCGATGAAACTCCACAGATGCTCCCACCTCCACCTGGGAGTTTCATCGATCGCGAAGAACTTATTGAACATGTTGGGGAGTTCGCCGTCTCTCAGGGATATGTTGTCACCATTAAACAGTCTAAGAAGGAAAGAGTTGTAGTCCTTGGTTGTGACAGAGGAGGTGTTTATCGAGATAGGCGCAAACCTATTGATGATGCCACTGGTGAACCTCTGCGCAAAAGGAAATCTGGTTCTCGACTGACGAACTGCCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057787989.1
MEFDETPQMLPPPPGSFIDREELIEHVGEFAVSQGYVVTIKQSKKERVVVLGCDRGGVYRDRRKPIDDATGEPLRKRKSGSRLTNCPFELVGKKEDGLWVLTVKNGSHNHEPMKDISEHPSARRFNEKEVMLIKEMTDAGLKPRQILKRLRQTNPELLSTPKHVYNVKAKLRQGNLTAVRRLKTLKSPTAAEGNSEPSSSSEPSWKKRYPPRFPNLIGGRFIDSQSSTSIDVLNPATQQVVAQVPLSTGEELKAAVFAAK...
XP_057787990.1
MEFDETPQMLPPPPGSFIDREELIEHVGEFAVSQGYVVTIKQSKKERVVVLGCDRGGVYRDRRKPIDDATGEPLRKRKSGSRLTNCPFELVGKKEDGLWVLTVKNGSHNHEPMKDISEHPSARRFNEKEVMLIKEMTDAGLKPRQILKRLRQTNPELLSTPKHVYNVKAKLRQGNLTVRRLKTLKSPTAAEGNSEPSSSSEPSWKKRYPPRFPNLIGGRFIDSQSSTSIDVLNPATQQVVAQVPLSTGEELKAAVFAAKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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