Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004850`

染色体: Chr01 坐标: 66645360-66648135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004850`
名称	SmilChr01G004850
描述	transcription factor GTE7-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66645360 - 66648135 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005187`
GeneID	`131005187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005187`
原始查询	`SmilChr01G004850`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor GTE7-like
产物	transcription factor GTE7-like
Arabidopsis	`AT1G73150` (GTE3) global transcription factor group E3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843646] identity=34; qcov=0.675; evalue=2.73e-60; confidence=low
Rice	`Os04g0623100` - identity=41; qcov=0.296; evalue=7.73e-29; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00439 (Bromodomain); PF17035 (BET)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788004.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788004.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788004.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788004.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057788004.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66645952`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	95	A20,A22,A3,A9,B104,B106,B109,B112,B115,B118,B122,B124,B125,B129,B132,B136,B139,B16,B17,B19,B20,B21,B24,B29,B32,B36,B38,B39,B41,B48,B49,B5,B51,B52,B54,B56,B57,B59,B62,B65,B66,B67,B68,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B87,B9,B90,B93,B94,B95,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C21,C25,C26,C27,C30,C39,C46,C48,C49,C53,C54,C55,C60,C63,C64,C66,C69,C70,C71,C72,C74,C75,C79,C80,C82,C86,D10,D5,D9
`Chr1:66646144`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	75	A2,A22,A9,B104,B106,B112,B115,B118,B122,B124,B125,B129,B132,B136,B139,B16,B17,B19,B20,B24,B32,B41,B49,B5,B51,B52,B54,B56,B57,B59,B62,B65,B66,B67,B73,B74,B76,B78,B79,B87,B9,B93,B94,B95,B96,B99,C10,C11,C12,C15,C17,C18,C19,C21,C25,C26,C39,C46,C48,C49,C5,C53,C54,C55,C60,C63,C64,C66,C69,C72,C79,C80,D11,D5,D9
`Chr1:66646147`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C46
`Chr1:66646353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:66646451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr1:66646607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B67,B94
`Chr1:66646650`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C86
`Chr1:66646658`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr1:66646787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:66646803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,B49,B56,B73,C5
`Chr1:66646805`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B41,B49,B56,B73,C5
`Chr1:66646805`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B41,B49,B56,B73,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788004.1

619 aa

310

619

Bromodomain

BET

PF00439 Bromodomain 183-268 aa PF17035 BET 419-480 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788004.1`	Pfam	`PF00439`	Bromodomain	Domain	183	268	5.2e-18	65.5	Bromodomain
`XP_057788004.1`	Pfam	`PF17035`	BET	Domain	419	480	1.5e-21	77.0	Bromodomain extra-terminal - transcription regulation

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095215.1
CGTTGGATTTCCGTCACCTGGCTCTTCAACGCCTATGATGCTGCCCGAAATATAAGCGGGCAGATCTCATCGCCTTTAAGAGGAACGCCCTCTCCTTCTCATTTCTTCGCTCAAACCCTAATATCTCTACACCGTCTTAAAATTGGTGTCTAGTTTAATTCCTTTGATTCTTTTTTCTCCAAATTTATAATTTAAATAGCCCCAAGTTGCCGCAGATCGTTCGGCGACGGGTTTTTCGCGGCGGAGAGTAGATTCCGGCT...

XM_057932021.1
CCTTCTCATTTCTTCGCTCAAACCCTAATATCTCTACACCGTCTTAAAATTGGTGTCTAGTTTAATTCCTTTGATTCTTTTTTCTCCAAATTTATAATTTAAATAGCCCCAAGTTGCCGCAGATCGTTCGGCGACGGGTTTTTCGCGGCGGAGAGTAGATTCCGGCTTTTCGATACATGATTTTTGGGGGAAATTGCTGCCGGAGGCTCGACGGAGCTGAGCGCTGCCGACGGTGTGATTCATGGCGTCCGCCGTTTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005187
ATGGCGTCCGCCGTTTTAGCGAGCCAGAATGAGTCGAGCTGGGCCCACATGGGAAAGACGCAGTACGCGAATCCCCACCTCAATTCAAACCCTCATCCTAACCCTAAGAAGAAGCAGAAGCAATTCCACCCGTCTGCGGCGAACGGTGTCGCCAGTCGTTACCGCAGCAGCAACAACGTCGATTCGCCGGCCGTCACGCAGACGGCTTCCGATGATGCCTATTCTTTCAACCAGACGCCCGCCGCGCGTAACTCTGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788004.1
MASAVLASQNESSWAHMGKTQYANPHLNSNPHPNPKKKQKQFHPSAANGVASRYRSSNNVDSPAVTQTASDDAYSFNQTPAARNSGNFGGLLTFNVSTYTKSELLDLRKRLSAELGQIRDLRDRIESGRFNIVETPRSQPKSKKFSGSKRPGPAIGSAPKKLSDGYDNSSLEAGNFGDLLKECEKIVGKLIKHKKFGHVFRVPVDAVALGLLDYHQIVKHPMDLGTVKANLAKNVYQTPVDFAADVRLTFNNALLYNPKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器