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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004854

染色体: Chr01 坐标: 66724952-66730141 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004854
名称SmilChr01G004854
描述phosphoglycerate mutase-like protein 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66724952 - 66730141 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005191
GeneID131005191
locus_tag-
NCBI NameLOC131005191
原始查询SmilChr01G004854

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphoglycerate mutase-like protein 1
产物phosphoglycerate mutase-like protein 1
ArabidopsisAT5G64460 (AT5G64460)
Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836567]
identity=74.2; qcov=0.975; evalue=8.64e-157; confidence=high
RiceOs04g0102500 (OSJNBa0068L06.8)
-
identity=66.9; qcov=0.943; evalue=1.53e-138; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016791 (phosphatase activity)
KEGG-
PfamPF00300 (His_Phos_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788007.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788007.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788007.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788007.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788007.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66725216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:66725259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B52,B76,B8
Chr1:66725803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B52,B76,B8,D2
Chr1:66725836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr1:66727924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B97,C38
Chr1:66728689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B126,B71,C62
Chr1:66728852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788007.1
282 aa
N
1
141
282
His_Phos_1
C
PF00300 His_Phos_1 18-89 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788007.1 Pfam PF00300 His_Phos_1 Domain 18 89 1.4e-10 42.0 Histidine phosphatase superfamily (branch 1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932024.1
AGTACTAATAAAATGGGATATGATGAGTGTGGAGTGGCGCTGAGCTATTATTATTCCTCAAATAATTATTCATTTCTTCTTTCAAAACAAAACAAAATGCCTAATCCCATTCCCATCTTTCATTAATCTTGCACCGATCACATCTTCGCCACCATCACCACCACTACTTTAAATTCAACATCTATTTCTTCTCCTTCTTCTCACATTTCCAGATTTCCACTCTCATTTTCTCCAACTTCACGCATCCAAGGAGTTTCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005191
ATGGATAATGGCGTTTGCCCGAGTTTGTTTCCACTGCACCGCAGCAAGACCATCCACCTGGTGAGGCATGCTCAGGGAATCCACAATGTAGATGGAGACAAGAACTACAAAGCTTTCATGTCTCCGGAATATTTTGATGCGCACCTAACTCAATTGGGCTGGCAACAGGTTGACAACTTGCGTAAACATGTCCATTCAAGTGGCCTCATAAAGAACATTGATTTGGTCATTACATCTCCATTGTTAAGGACCATCCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788007.1
MDNGVCPSLFPLHRSKTIHLVRHAQGIHNVDGDKNYKAFMSPEYFDAHLTQLGWQQVDNLRKHVHSSGLIKNIDLVITSPLLRTIQTAVGVFGGEAYSDRMDILPLMVANAGNSDHSAISSLDCPPIVAVELCREHLGVHPCDKRRSISEYQCLFPAIDFSLIDSDEDVLWKADVRETKDEVAARGMNFMNWLFTRKEKEIAIVTHSGFLFHTLAAFGNDCHPVVKTEISSHFANCELRSMVILDRGMVGSDCSSTNYPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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