当前解析结果
SmilChr01G004854| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004854 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004854 |
| 描述 | phosphoglycerate mutase-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66724952 - 66730141 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005191 |
|---|---|
| GeneID | 131005191 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005191 |
| 原始查询 | SmilChr01G004854 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphoglycerate mutase-like protein 1 |
| 产物 | phosphoglycerate mutase-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT5G64460 (AT5G64460)Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836567] identity=74.2; qcov=0.975; evalue=8.64e-157; confidence=high |
| Rice | Os04g0102500 (OSJNBa0068L06.8)- identity=66.9; qcov=0.943; evalue=1.53e-138; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016791 (phosphatase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00300 (His_Phos_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005191 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057788007.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057788007.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057788007.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788007.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788007.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66725216 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr1:66725259 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B52,B76,B8 |
Chr1:66725803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B52,B76,B8,D2 |
Chr1:66725836 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr1:66727924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B97,C38 |
Chr1:66728689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B126,B71,C62 |
Chr1:66728852 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788007.1PF00300
His_Phos_1 18-89 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788007.1 |
Pfam | PF00300 |
His_Phos_1 | Domain | 18 | 89 | 1.4e-10 | 42.0 | Histidine phosphatase superfamily (branch 1) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。