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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004861

染色体: Chr01 坐标: 66758287-66758840 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004861
名称SmilChr01G004861
描述disease resistance protein ADR1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66758287 - 66758840 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005200
GeneID131005200
locus_tag-
NCBI NameLOC131005200
原始查询SmilChr01G004861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance protein ADR1-like
产物disease resistance protein ADR1-like
ArabidopsisAT3G04220 (AT3G04220)
Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819577]
identity=34.6; qcov=0.806; evalue=5.14e-21; confidence=low
RiceOs01g0536466 (OSJNBa0086A10.25)
-
identity=41.3; qcov=0.939; evalue=3.89e-26; confidence=medium
GOGO:0050832 (defense response to fungus)
KEGG-
PfamPF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005200

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788018.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057788018.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057788018.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788018.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66758384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:66758429 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr1:66758429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:66758598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B88,C36,D6
Chr1:66758613 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B126,B65,B73,C25
Chr1:66758613 CA C 1bp_deletion CDS_variant 4 B126,B65,B73,C25
Chr1:66758634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B61,B77
Chr1:66758733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,C82
Chr1:66758748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B4,B88,C36,D6
Chr1:66758750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B44,B72,C26,C49
Chr1:66758810 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C22
Chr1:66758810 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788018.1
165 aa
N
1
82
165
LRR_R13L1-DRL21
C
PF25019 LRR_R13L1-DRL21 73-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788018.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 73 135 7e-12 46.1 R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932035.1
CTGCCATACGAAGAAATGGAAGGGTTGAGATCCCTTAAAAGCTTAACCATTGACAACTGCAGCAGCCTGATTTCTCTCTCAGACGGCTTCCACCATCTCACAGCCCTCGAGCAATTGTCGATAATGAGTTGTCCAAAACTAACTTGGCTGCCAGATGGTTTTCACGATCTGTCTTCCCTTAGGAGTTTAAACATAGTATCTTGCCCGAGTCTGGATTACCTTCCGGTGAGCCTGCAACACGCGACAGCACTGCAGAGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005200
ATGGAAGGGTTGAGATCCCTTAAAAGCTTAACCATTGACAACTGCAGCAGCCTGATTTCTCTCTCAGACGGCTTCCACCATCTCACAGCCCTCGAGCAATTGTCGATAATGAGTTGTCCAAAACTAACTTGGCTGCCAGATGGTTTTCACGATCTGTCTTCCCTTAGGAGTTTAAACATAGTATCTTGCCCGAGTCTGGATTACCTTCCGGTGAGCCTGCAACACGCGACAGCACTGCAGAGTCTGGTGATTCATAGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788018.1
MEGLRSLKSLTIDNCSSLISLSDGFHHLTALEQLSIMSCPKLTWLPDGFHDLSSLRSLNIVSCPSLDYLPVSLQHATALQSLVIHSWPDLTALPEWFGRFSCLRSLAIVECEKLMSLPQGLQNLTKLQLISIQKCPILEDRCRRKGMLWQRIAHIPHKYIGSLKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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