Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004862

染色体: Chr01 坐标: 66758287-66763006 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004862
名称SmilChr01G004862
描述putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66758287 - 66763006 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005198
GeneID131005198
locus_tag-
NCBI NameLOC131005198
原始查询SmilChr01G004862

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein RGA3
产物putative disease resistance protein RGA3
ArabidopsisAT3G14470 (AT3G14470)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670]
identity=33.4; qcov=1.08; evalue=6.24e-147; confidence=low
RiceOs05g0492200 (YR1)
-
identity=34.2; qcov=1.06; evalue=1.08e-151; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057788015.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057788015.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788015.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788015.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788015.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66758939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B4,B88,C36,D6
Chr1:66758966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B97,C38
Chr1:66759035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B65,B73,C25
Chr1:66759121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:66759302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B33,B94,C22,C29
Chr1:66759439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B13
Chr1:66759488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr1:66759496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,D11
Chr1:66759549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:66759602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B4,B88,C36,D6
Chr1:66759648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,D11
Chr1:66759771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C15,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788015.1
962 aa
N
1
481
962
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 10-97 aa PF00931 NB-ARC 168-337 aa PF23559 WHD_DRP 420-485 aa PF23598 LRR_14 555-856 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 669-804 aa
XP_057788016.1
931 aa
N
1
466
931
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
LRR_R13L1-DRL21
C
PF18052 Rx_N 10-97 aa PF00931 NB-ARC 168-337 aa PF23559 WHD_DRP 420-485 aa PF23598 LRR_14 584-825 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 638-773 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788015.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 10 97 4.6e-18 65.8 Rx N-terminal domain
XP_057788015.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 168 337 2.6e-33 115.8 NB-ARC domain
XP_057788015.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 420 485 1.1e-21 77.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057788015.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 555 856 7.5e-29 101.3 Leucine-rich repeat region
XP_057788015.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 669 804 2.1e-42 144.8 R13L1/DRL21 LRRs
XP_057788016.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 10 97 4.4e-18 65.9 Rx N-terminal domain
XP_057788016.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 168 337 2.4e-33 115.8 NB-ARC domain
XP_057788016.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 420 485 1.1e-21 77.4 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057788016.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 584 825 4.6e-16 59.2 Leucine-rich repeat region
XP_057788016.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 638 773 8.9e-43 145.9 R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932033.1
TAACTTTTTTTCTCTCTTTAAAAAAAATATTTCCTCACCTGATTCGACCTTGTAAAGAGCTTCGAGGAGAGTGATTTTATCCTCTTCCTCCCCAAATACTGCACGCAAATGCAAATGATGAACTAATCAGCAGCGTTCATAGGATATAAACGTTACGTGATGGAAATTTCATCTTAGCTATACATGAGATTGCAAAAATTAACCTTGGCTAATAAATGAAGCGCCCGGCCTGCTCCAAGAGAATGGAAATTGAAATGACA...
XM_057932032.1
TAACTTTTTTTCTCTCTTTAAAAAAAATATTTCCTCACCTGATTCGACCTTGTAAAGAGCTTCGAGGAGAGTGATTTTATCCTCTTCCTCCCCAAATACTGCACGCAAATGCAAATGATGAACTAATCAGCAGCGTTCATAGGATATAAACGTTACGTGATGGAAATTTCATCTTAGCTATACATGAGATTGCAAAAATTAACCTTGGCTAATAAATGAAGCGCCCGGCCTGCTCCAAGAGAATGGAAATTGAAATGACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005198
ATGGCCGATTTGATCATTGGCCCTCTCATAGAAATACTGGCAGATAAGTTGGCATCTCCAATCCTCCAAAAGTTTCAAGATCGTTATAACCTCAAAGACAACATCAGGAAGCTGCACCACTCACTTCCAAGGATCCAAGCCCTTCTCGAAGACGCGCAGAAGCAGCAAGAAACGTGCCACGCCGTCAAGCAATGGCTTGAGGAGCTCGAGGATGCAGCGTTTGAGGCAGAAGTGCTGCTAGATGAGCTTGCAGCGGAGAC...
LOC131005198
ATGGCCGATTTGATCATTGGCCCTCTCATAGAAATACTGGCAGATAAGTTGGCATCTCCAATCCTCCAAAAGTTTCAAGATCGTTATAACCTCAAAGACAACATCAGGAAGCTGCACCACTCACTTCCAAGGATCCAAGCCCTTCTCGAAGACGCGCAGAAGCAGCAAGAAACGTGCCACGCCGTCAAGCAATGGCTTGAGGAGCTCGAGGATGCAGCGTTTGAGGCAGAAGTGCTGCTAGATGAGCTTGCAGCGGAGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788015.1
MADLIIGPLIEILADKLASPILQKFQDRYNLKDNIRKLHHSLPRIQALLEDAQKQQETCHAVKQWLEELEDAAFEAEVLLDELAAETKERERRSTKGKEVANFFQFKPTDYLFELASHLQKKLKELDHIVEQAFTFNLQQHDLGKMLGSSGRCRETMSVAGDNVYGREEDKQNIINLLLDDNSEEKKIIFPSVISVVGIGGIGKTMLAQLVYNDEMVSRHFELKMWVHVPKDFDLGNLMKRVIHSVTRKIYELCELDNLQ...
XP_057788016.1
MADLIIGPLIEILADKLASPILQKFQDRYNLKDNIRKLHHSLPRIQALLEDAQKQQETCHAVKQWLEELEDAAFEAEVLLDELAAETKERERRSTKGKEVANFFQFKPTDYLFELASHLQKKLKELDHIVEQAFTFNLQQHDLGKMLGSSGRCRETMSVAGDNVYGREEDKQNIINLLLDDNSEEKKIIFPSVISVVGIGGIGKTMLAQLVYNDEMVSRHFELKMWVHVPKDFDLGNLMKRVIHSVTRKIYELCELDNLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器