Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004866

染色体: Chr01 坐标: 66786599-66790422 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004866
名称SmilChr01G004866
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15280, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66786599 - 66790422 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005203
GeneID131005203
locus_tag-
NCBI NameLOC131005203
原始查询SmilChr01G004866

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15280, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15280%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G15280 (AT5G15280)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831380]
identity=41.6; qcov=0.948; evalue=0; confidence=medium
RiceOs03g0168400
-
identity=34; qcov=0.963; evalue=0; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788021.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788021.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788021.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788021.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788021.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66786625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr1:66786659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:66786838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C79,C84
Chr1:66787030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C79,C84
Chr1:66787065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr1:66787070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:66787120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B57,D4
Chr1:66787159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:66787254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C79
Chr1:66787256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B65,B78,B97,C38
Chr1:66787301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B57,D4
Chr1:66787340 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B65,B73,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788021.1
1232 aa
N
1
616
1232
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 263-287 aa PF13812 PPR_3 383-437 aa PF13041 PPR_2 392-440 aa PF01535 PPR 395-425 aa PF01535 PPR 430-458 aa PF01535 PPR 676-697 aa PF01535 PPR 743-771 aa PF01535 PPR 813-840 aa PF01535 PPR 846-874 aa PF01535 PPR 881-907 aa PF13041 PPR_2 1050-1099 aa PF01535 PPR 1055-1082 aa PF01535 PPR 1089-1116 aa PF13041 PPR_2 1089-1130 aa PF01535 PPR 1123-1152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 263 287 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 383 437 5.7e-33 113.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788021.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 392 440 6.6e-95 311.8 PPR repeat family
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 395 425 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 430 458 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 676 697 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 743 771 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 813 840 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 846 874 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 881 907 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 1050 1099 6.6e-95 311.8 PPR repeat family
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 1055 1082 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 1089 1116 9.3e-64 208.1 PPR repeat
XP_057788021.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 1089 1130 6.6e-95 311.8 PPR repeat family
XP_057788021.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 1123 1152 9.3e-64 208.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932038.1
ATGTATGTTTTCTCACAAATCCTTTCCAGACAGCCTTCTCGCAGATGGATTCCACCACTTCTCACTCATCAATGTAAAACCCATTTTTCCACTGAGGCTTCGGTTGTAAATAATCTCGCCCACAACGACTTATCTTCACAAAGTTTCTCTGGAATCGCAAAATCTGTGATATCAAAGTGTTCAGACGTTAGGGCTTCAAATAAAGGTGATAAATCTAACACTCTTTTACTTCAAGATTACATTTTCAGACTCTCTGACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005203
ATGTATGTTTTCTCACAAATCCTTTCCAGACAGCCTTCTCGCAGATGGATTCCACCACTTCTCACTCATCAATGTAAAACCCATTTTTCCACTGAGGCTTCGGTTGTAAATAATCTCGCCCACAACGACTTATCTTCACAAAGTTTCTCTGGAATCGCAAAATCTGTGATATCAAAGTGTTCAGACGTTAGGGCTTCAAATAAAGGTGATAAATCTAACACTCTTTTACTTCAAGATTACATTTTCAGACTCTCTGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788021.1
MYVFSQILSRQPSRRWIPPLLTHQCKTHFSTEASVVNNLAHNDLSSQSFSGIAKSVISKCSDVRASNKGDKSNTLLLQDYIFRLSDISPKIVRRFWRVSVLKPEDVLEMLVGFECRIEKSEVEVKKVESLCEIFKWASNQSREFEHFPRSCKIMASMLVQSGFYREVETLLSRRECQRFLLDCEEVFGDLIKGYVGKFELDRAVLVYERMRGLGLVPSGASYQALLRYLIEVDAAQLMYHVYEDMINVGLGGSVEEKWIH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器