当前解析结果
SmilChr01G004874| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004874 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004874 |
| 描述 | protein TUNICAMYCIN INDUCED 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66837573 - 66839486 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005212 |
|---|---|
| GeneID | 131005212 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005212 |
| 原始查询 | SmilChr01G004874 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TUNICAMYCIN INDUCED 1-like |
| 产物 | protein TUNICAMYCIN INDUCED 1-like |
| Arabidopsis | AT5G64510 (TIN1)tunicamycin induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836572] identity=64.5; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0767600- identity=55.9; qcov=0.94; evalue=1.91e-141; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28340 (TIN1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005212 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057788034.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057788034.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057788034.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057788034.1 |
| 5 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057788034.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66837707 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B52 |
Chr1:66837707 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr1:66837722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,D8 |
Chr1:66838064 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B103,C15,C21,C8 |
Chr1:66838205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr1:66838563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B33,C22,C29 |
Chr1:66838693 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B57,C50,D4 |
Chr1:66838745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B90,B92 |
Chr1:66838754 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr1:66838791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr1:66838799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr1:66838816 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788034.1PF28340
TIN1 71-423 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788034.1 |
Pfam | PF28340 |
TIN1 | Family | 71 | 423 | 4.3e-163 | 543.3 | TIN1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。