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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004878

染色体: Chr01 坐标: 66876875-66880339 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004878
名称SmilChr01G004878
描述uncharacterized SmilChr01G004878
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66876875 - 66880339 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005215
GeneID131005215
locus_tag-
NCBI NameLOC131005215
原始查询SmilChr01G004878

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述neurofilament heavy protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827408]; symbol=AT4G17000; hit=AT4G17000; species=arabidopsis; confidence=medium
产物neurofilament heavy protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827408]; symbol=AT4G17000; hit=AT4G17000; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G17000 (AT4G17000)
neurofilament heavy protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827408]
identity=36.9; qcov=0.871; evalue=3.66e-77; confidence=medium
RiceOs03g0770900
-
identity=40; qcov=0.41; evalue=3.92e-43; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788036.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057788036.1
3 Spindle Spindle 0.80000 XP_057788036.1
4 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057788036.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.40000 XP_057788036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66877325 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A24
Chr1:66877325 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A24
Chr1:66877396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B66,B72,C47
Chr1:66877697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B16,B64
Chr1:66878125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C15,C21,C8
Chr1:66878223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B111,B57,C50,D4
Chr1:66878500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:66878560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B52,B8,C84
Chr1:66878843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:66878934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B74,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932053.1
TTCAGACTCGCCCCAAATTTAAATTTTATCTCAGTTCCTCGGATGCTGTCGCCTCGCTTCACAGAAGTGCACAACGCTCCATTCCACCCCTCATCCCCATTTTTGGCTTCATTAATTCACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGATTTATAGTAGTGAAGGATAATCATATATAAAATGGGGGAGTGTCAGGAAATTCCGAATAAATTCTTATCATTTTCGTCATCGGAAAATCGAGATTCGATCGGGTCGCTGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005215
ATGGGGGAGTGTCAGGAAATTCCGAATAAATTCTTATCATTTTCGTCATCGGAAAATCGAGATTCGATCGGGTCGCTGAATGACGGAGGGGAACAAGAATTTTATGAGAAGATCGAGGCTCCGAAGTTCGTAGACTTCACTTTGCCCGATCATTATAGCCCCGACGATCGTTATTGGTTTTGCCTCCGTGTGGGATGTGATCAAAAGCATGAGGAAGAAATGGATTCTGAAGCAATCTACAACAATTTTGTTCTTCGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788036.1
MGECQEIPNKFLSFSSSENRDSIGSLNDGGEQEFYEKIEAPKFVDFTLPDHYSPDDRYWFCLRVGCDQKHEEEMDSEAIYNNFVLRVMAARSPNVRLRKALDRNASRTPIKCPLSAPPKSSKPRLSRMAVISSISKKITEDKKKVVRPLMKPGSTPVTKTKPVAAKYLTTPRNKKCTSDQTSFRSVQHPKPINIEVPKSRIVAKALVFRSPKKAVKLKSSVELRTPISKLCQGMNKLEISSQRKRALGYSSNSSKNLSNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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