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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004886

染色体: Chr01 坐标: 66927376-66928178 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004886
名称SmilChr01G004886
描述pathogenesis-related leaf protein 6-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66927376 - 66928178 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005227
GeneID131005227
locus_tag-
NCBI NameLOC131005227
原始查询SmilChr01G004886

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pathogenesis-related leaf protein 6-like
产物pathogenesis-related leaf protein 6-like
ArabidopsisAT2G14580 (PRB1)
basic pathosis-related protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815945]
identity=57.7; qcov=1; evalue=1.28e-61; confidence=high
RiceOs01g0382000 (OsPR1b)
-
identity=59.9; qcov=0.871; evalue=2.05e-52; confidence=high
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0005615 (GO:0005615)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00188 (CAP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005227

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057788050.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057788050.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788050.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788050.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788050.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66927976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A21,B52,B8,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788050.1
163 aa
N
1
82
163
CAP
C
PF00188 CAP 34-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788050.1 Pfam PF00188 CAP Domain 34 151 3.8e-20 73.6 Cysteine-rich secretory protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932067.1
AACTCAAACCCAAATTAATTGACGACAACTTAGTTACGTAGGTTGCATACTTACATATTCCATTACAATATTCTTCACAATTATATACCAAAAGTCTCACACATTATTGGCTATAAATACCCTCCCTCCATACACATATTTTGCAATGAGAATGAAAATGAAGCATTCAGTAGGCATTCTGTTGTTGTTGATTGGGCTAACAATACCATACATATGTGTAGGGCAAAACTCAGCCCAAGACTTCCTTGATGGGCACAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005227
ATGAGAATGAAAATGAAGCATTCAGTAGGCATTCTGTTGTTGTTGATTGGGCTAACAATACCATACATATGTGTAGGGCAAAACTCAGCCCAAGACTTCCTTGATGGGCACAATAGGGCTCGTGCTGCAGTAGGGGTGGGGCCCATGACGTGGGACGAAAACGTGGCCAACTTCGCTCGGAACTACGTGAATTCGAGGCTGCGCGACTGCAACCTGGTCCACTCCAGCAACAGGCCGTACGGCGAGAACCTTGCCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788050.1
MRMKMKHSVGILLLLIGLTIPYICVGQNSAQDFLDGHNRARAAVGVGPMTWDENVANFARNYVNSRLRDCNLVHSSNRPYGENLAAGSGDFTGRRAVELWVNEKANYNYASNSCVGGECLHYTQVVWRNSVRLGCARALCNNGWWFVSCNYDPPGNYIGQRPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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