当前解析结果
SmilChr01G004907| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004907 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004907 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G004907 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 67111665 - 67112350 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005246 |
|---|---|
| GeneID | 131005246 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005246 |
| 原始查询 | SmilChr01G004907 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | thymocyte nuclear-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815954]; symbol=AT2G14660; hit=AT2G14660; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | thymocyte nuclear-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815954]; symbol=AT2G14660; hit=AT2G14660; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G14660 (AT2G14660)thymocyte nuclear-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815954] identity=66.2; qcov=0.98; evalue=5.54e-61; confidence=high |
| Rice | Os03g0676100- identity=55.6; qcov=1.03; evalue=1.21e-51; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01878 (EVE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005246 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057788101.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057788101.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057788101.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788101.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788101.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:67111866 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B109,B50,B64,D2 |
Chr1:67112105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr1:67112191 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A11,A7,B103,B107,B113,B16,B19,B21,B5,C15,C24,C3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788101.1PF01878
EVE 13-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788101.1 |
Pfam | PF01878 |
EVE | Domain | 13 | 138 | 7.2e-37 | 127.3 | EVE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。