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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004918

染色体: Chr01 坐标: 67268047-67274042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004918
名称SmilChr01G004918
描述nucleobase-ascorbate transporter 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67268047 - 67274042 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005259
GeneID131005259
locus_tag-
NCBI NameLOC131005259
原始查询SmilChr01G004918

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleobase-ascorbate transporter 4
产物nucleobase-ascorbate transporter 4
ArabidopsisAT1G60030 (NAT7)
nucleobase-ascorbate transporter 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842297]
identity=64.1; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0741800
-
identity=66.8; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005259

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788122.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057788122.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057788122.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788122.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788122.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67268866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,D2
Chr1:67269279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B25,C48
Chr1:67270595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B131,B49,B84,B97
Chr1:67271478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B25,C48
Chr1:67272672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:67272874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:67272972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:67273450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B137,B44,B50,C19
Chr1:67273517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:67273535 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 9 B128,B20,B32,B40,B5,B61,C18,C84,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788122.1
529 aa
N
1
264
529
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 35-439 aa
XP_057788123.1
480 aa
N
1
240
480
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 35-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788122.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 35 439 7.6e-59 200.1 Permease family
XP_057788123.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 35 439 6.6e-59 200.3 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932139.1
AACAAAATTAGAGCACTGGCAACCCCCTTACTCGAGCGCCTACTCGAGTAGAGCGTTGCACTCGAGTAGGGCGTCGCAGGGGGGTTTACTCGAATGCTACTCGAGTCTTCGAGTATGCACGAGTAATTTTCTTTTTTCTTTTTACTTTTTTTTTAAATTCTCTTCTCCTCTTTAAAAATATCTCTCTCCTATTTAAAAACTAAAAAAATCAAATAGGCTATCAAGTAACCCCAATGCAGCACTACTTACTCAATAACACA...
XM_057932140.1
AAAATTGTGTGTGTGTACACTATATAGTTTGTATATATATATATAGAGAGGAGGGAGAGACTAAGAGAGAGCGCGCGAAAGAGAAATAGAGGAAGGGGAGGCTTGAAATTCTATTCCCTTAGGGAGTTGAGAGTACTCTAAGTTGGAAAGGTTGTACACAGAAAAAAATGACGGTGGCGGCGAAGGCGGTGGTTGAATTGGGGCCTCACCCTGTCAAAGAGCAGCTCCCCGGCGTTGATTATTGTGTCAACAGCAACCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005259
ATGACGGTGGCGGCGAAGGCGGTGGTTGAATTGGGGCCTCACCCTGTCAAAGAGCAGCTCCCCGGCGTTGATTATTGTGTCAACAGCAACCCTTCATGGGCTGAAGCTATGATTCTGGGATTTCAGCACTACTTGGTAATGCTTGGAACTACTGTGATAATTCCTACCATTCTTGTTCCTTACATGGGTGGTGGCAATGTGGAGAAGGCTCAACTGATGCAAACTCTGTTGTTTGTATCTGGAATTAACACACTGCTGCA...
LOC131005259
ATGACGGTGGCGGCGAAGGCGGTGGTTGAATTGGGGCCTCACCCTGTCAAAGAGCAGCTCCCCGGCGTTGATTATTGTGTCAACAGCAACCCTTCATGGGCTGAAGCTATGATTCTGGGATTTCAGCACTACTTGGTAATGCTTGGAACTACTGTGATAATTCCTACCATTCTTGTTCCTTACATGGGTGGTGGCAATGTGGAGAAGGCTCAACTGATGCAAACTCTGTTGTTTGTATCTGGAATTAACACACTGCTGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788122.1
MTVAAKAVVELGPHPVKEQLPGVDYCVNSNPSWAEAMILGFQHYLVMLGTTVIIPTILVPYMGGGNVEKAQLMQTLLFVSGINTLLQTWFGTRMPVVIGGSLRFLIPSLYVTFAQRYLIYFNPRVRFLRTMRGIQGALMVASVLPMLLGFLGIWRIVVRSLSPLAAVPLIALVGFGLYEQGFPLLAECVEIGLPELIILVLFSHYIPSFWSSKRPIYDRFAVLLSVGVVWAYAALLTAAGAYRNRPLNTQLSCRVDRSGF...
XP_057788123.1
MTVAAKAVVELGPHPVKEQLPGVDYCVNSNPSWAEAMILGFQHYLVMLGTTVIIPTILVPYMGGGNVEKAQLMQTLLFVSGINTLLQTWFGTRMPVVIGGSLRFLIPSLYVTFAQRYLIYFNPRVRFLRTMRGIQGALMVASVLPMLLGFLGIWRIVVRSLSPLAAVPLIALVGFGLYEQGFPLLAECVEIGLPELIILVLFSHYIPSFWSSKRPIYDRFAVLLSVGVVWAYAALLTAAGAYRNRPLNTQLSCRVDRSGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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