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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004920

染色体: Chr01 坐标: 67284627-67289060 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004920
名称SmilChr01G004920
描述telomere repeat-binding factor 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67284627 - 67289060 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005261
GeneID131005261
locus_tag-
NCBI NameLOC131005261
原始查询SmilChr01G004920

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述telomere repeat-binding factor 1
产物telomere repeat-binding factor 1
ArabidopsisAT1G49950 (TRB1)
telomere repeat binding factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841418]
identity=59.6; qcov=1.1; evalue=8.6e-83; confidence=high
RiceOs12g0613300 (BIP127)
-
identity=47.7; qcov=0.88; evalue=6.11e-58; confidence=high
GOGO:0000786 (nucleosome); GO:0003691 (double-stranded telomeric DNA binding); GO:0006334 (nucleosome assembly)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF00538 (Linker_histone)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788125.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788125.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788125.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788125.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057788125.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67285389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:67285435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr1:67285727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:67287701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C31,C54
Chr1:67287799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:67287935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,C3
Chr1:67287948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A15,B80,B9,C60
Chr1:67287954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B43,C3,C34,C63
Chr1:67287975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B26,B28
Chr1:67288005 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 C11,C69
Chr1:67288005 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 2 C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788125.1
302 aa
N
1
151
302
Myb_DNA-binding
Linker_histone
C
PF00249 Myb_DNA-binding 5-56 aa PF00538 Linker_histone 125-182 aa
XP_057788126.1
302 aa
N
1
151
302
Myb_DNA-binding
Linker_histone
C
PF00249 Myb_DNA-binding 5-56 aa PF00538 Linker_histone 125-182 aa
XP_057788127.1
302 aa
N
1
151
302
Myb_DNA-binding
Linker_histone
C
PF00249 Myb_DNA-binding 5-56 aa PF00538 Linker_histone 125-182 aa
XP_057788128.1
274 aa
N
1
137
274
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 5-56 aa
XP_057788129.1
274 aa
N
1
137
274
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 5-56 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788125.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 5 56 5.3e-09 36.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057788125.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 125 182 2.2e-09 38.1 linker histone H1 and H5 family
XP_057788126.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 5 56 5.3e-09 36.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057788126.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 125 182 2.2e-09 38.1 linker histone H1 and H5 family
XP_057788127.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 5 56 5.3e-09 36.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057788127.1 Pfam PF00538 Linker_histone Domain 125 182 2.2e-09 38.1 linker histone H1 and H5 family
XP_057788128.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 5 56 4.6e-09 37.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057788129.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 5 56 4.6e-09 37.0 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932142.1
ATATTAACTCTATCAAACTGCTGAATTACCGTTAATTGACGCCCATACAGTTACATTTTCGTATTGGACAGAAGATTAGGGGAAAAGGGGGGTCTTTGACATTTTGATTATCAGATCTCCAATTCACTATAGCAATCTCCGCCTTCAGTTTTTAAAATAATGGGAGCACCTAAGCAAAAATGGACTCCAGAGGAAGAAGCAGCTCTTAAAGCTGGAGTCCTTAAGCATGGGCCGGGAAAATGGCGTACCATTCTGAAGGA...
XM_057932143.1
GCTGAATTACCGTTAATTGACGCCCATACAGTTACATTTTCGTATTGGACAGAAGATTAGGGGAAAAGGGGGGTCTTTGACATTTTGATTATCAGATCTCCAATTCACTATAGCAATCTCCGCCTTCAGCGATCTGTCAGTTTTTAAAATAATGGGAGCACCTAAGCAAAAATGGACTCCAGAGGAAGAAGCAGCTCTTAAAGCTGGAGTCCTTAAGCATGGGCCGGGAAAATGGCGTACCATTCTGAAGGACCCACAGT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131005261
ATGGGAGCACCTAAGCAAAAATGGACTCCAGAGGAAGAAGCAGCTCTTAAAGCTGGAGTCCTTAAGCATGGGCCGGGAAAATGGCGTACCATTCTGAAGGACCCACAGTTCAGTGGAGTTCTCTATCTGCGATCCAATGTTGATCTGAAGGACAAGTGGAGGAACATGAGTGTCATGGCGAATGGATGGGGCTCACGTGAGAGGGCCAGGTTAGCTCTAAAAAGGATGCATCCTGCCCCCAAGCATGGAGAGAGCTCTAT...
LOC131005261
ATGGGAGCACCTAAGCAAAAATGGACTCCAGAGGAAGAAGCAGCTCTTAAAGCTGGAGTCCTTAAGCATGGGCCGGGAAAATGGCGTACCATTCTGAAGGACCCACAGTTCAGTGGAGTTCTCTATCTGCGATCCAATGTTGATCTGAAGGACAAGTGGAGGAACATGAGTGTCATGGCGAATGGATGGGGCTCACGTGAGAGGGCCAGGTTAGCTCTAAAAAGGATGCATCCTGCCCCCAAGCATGGAGAGAGCTCTAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057788125.1
MGAPKQKWTPEEEAALKAGVLKHGPGKWRTILKDPQFSGVLYLRSNVDLKDKWRNMSVMANGWGSRERARLALKRMHPAPKHGESSMALSTFSQSDDELVDARSLDPSGGSSPNDGPKRSIMRLDNLIMEAISNLREPGGSNKTSIAAYIEDQYWAPPNFKRILSAKLKHMAATGKLIKMKRKYKIAGASTLSERRRNPSVAVEGRQKISPKIGHDDIGHLTKSQIDVELAKMRSMTPQEAAAAAAQAVAEAEAAMAEAE...
XP_057788126.1
MGAPKQKWTPEEEAALKAGVLKHGPGKWRTILKDPQFSGVLYLRSNVDLKDKWRNMSVMANGWGSRERARLALKRMHPAPKHGESSMALSTFSQSDDELVDARSLDPSGGSSPNDGPKRSIMRLDNLIMEAISNLREPGGSNKTSIAAYIEDQYWAPPNFKRILSAKLKHMAATGKLIKMKRKYKIAGASTLSERRRNPSVAVEGRQKISPKIGHDDIGHLTKSQIDVELAKMRSMTPQEAAAAAAQAVAEAEAAMAEAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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