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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004934

染色体: Chr01 坐标: 67413116-67415195 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004934
名称SmilChr01G004934
描述xyloglucan galactosyltransferase XLT2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67413116 - 67415195 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005273
GeneID131005273
locus_tag-
NCBI NameLOC131005273
原始查询SmilChr01G004934

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述xyloglucan galactosyltransferase XLT2-like
产物xyloglucan galactosyltransferase XLT2-like
ArabidopsisAT5G62220 (GT18)
glycosyltransferase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836343]
identity=54; qcov=0.814; evalue=1.15e-168; confidence=high
RiceOs04g0574100
-
identity=42.1; qcov=0.922; evalue=1.4e-125; confidence=medium
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0008378 (galactosyltransferase activity); GO:0009969 (xyloglucan biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057788142.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057788142.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788142.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788142.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788142.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67413569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:67413812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr1:67414229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr1:67414271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:67414391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:67414496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr1:67414531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C61,C74
Chr1:67414537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:67414603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B95,C87
Chr1:67414660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:67414755 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B128
Chr1:67414755 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788142.1
489 aa
N
1
244
489
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 89-427 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788142.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 89 427 4e-71 240.5 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932159.1
ACTTTCGAAATCGCATTACCATCCAAATTAGAATACTACTATAACGTATAACCTCTTGAAATTATTTTTGCAAACTCTTTTTGACAAATATATACAACCACACTCCCTAAAAAAACCGTCACACGCAACTTTAATTATTCTTTTAATTAAAGAATTAATTAATATACACATTTACCCCCAAATGGTATTACTACAAAGTCTACAATAATCCCCAACAGTCAACACCTTTGAAACCCTCTCATTTTACACCATCTTCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005273
ATGCTGCCCACCACCGCCGCCCCTCCGGCCGACCACCACCACCACCACCACCCCTCAAAGAAATCCAAGCTCAAAACCACCTTCCACACCGTGAAATCCAACATCTCCGCCCACCACTGTGCATGGCTAACACTGACCATCCTCCTCCAGCTCCTCATCATCCTCTTCCTCAACCGCGCCTCTCCCCCGCCCCCTCTCCCCTCCTCCGCCCACCGCCGCCACTTCGAATCTGCGGCACCTCATCCTCCCCTACGCGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788142.1
MLPTTAAPPADHHHHHHPSKKSKLKTTFHTVKSNISAHHCAWLTLTILLQLLIILFLNRASPPPPLPSSAHRRHFESAAPHPPLRDEACKHGRIYVYDLPSMLNRDLLQNCHDLDPWSSRCNAVSNGGLGPTATGLDALVPRNLSAAWYWTDMYAAEVIYHDRVNNYRCTTSNPAEATAFYIPFYAGLAVGKYLWFNYTSKDRDFHAAAMLDWVKNQPPWRRSNGSDHFLMFGRLTWDFRRLTDDDGEWGTRFIYMPLMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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