当前解析结果
SmilChr01G004936| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004936 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004936 |
| 描述 | formin-like protein 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 67459992 - 67460870 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011928 |
|---|---|
| GeneID | 131011928 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011928 |
| 原始查询 | SmilChr01G004936 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 5 |
| 产物 | formin-like protein 5 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0009834 (plant-type secondary cell wall biogenesis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29364 (TED6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011928 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057795815.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057795815.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795815.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795815.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795815.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:67460058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C59 |
Chr1:67460070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:67460220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr1:67460407 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,C27 |
Chr1:67460448 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B121 |
Chr1:67460448 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B121 |
Chr1:67460568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B77,C26,C57,C8 |
Chr1:67460574 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,A21,B104,C38,C74 |
Chr1:67460579 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr1:67460679 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr1:67460728 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795815.1PF29364
TED6 219-250 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795815.1 |
Pfam | PF29364 |
TED6 | Domain | 219 | 250 | 3.5e-10 | 40.3 | TED6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。