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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004939

染色体: Chr01 坐标: 67503736-67512271 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004939
名称SmilChr01G004939
描述exocyst complex component SEC10b-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67503736 - 67512271 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005277
GeneID131005277
locus_tag-
NCBI NameLOC131005277
原始查询SmilChr01G004939

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component SEC10b-like
产物exocyst complex component SEC10b-like
ArabidopsisAT5G12370 (SEC10)
exocyst complex component sec10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831112]
identity=72.7; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0238100 (SEC10)
-
identity=66.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006893 (Golgi to plasma membrane transport)
KEGG-
PfamPF07393 (Sec10_HB); PF20667 (Sec10_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057788156.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057788156.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788156.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.40000 XP_057788156.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.20000 XP_057788156.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67507303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr1:67508055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B94,C39
Chr1:67508221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C8
Chr1:67509666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:67509903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C38,C71,C9
Chr1:67511223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:67511787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788156.1
818 aa
N
1
409
818
Sec10_N
Sec10_HB
C
PF20667 Sec10_N 86-202 aa PF07393 Sec10_HB 209-813 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788156.1 Pfam PF20667 Sec10_N Repeat 86 202 7.9e-31 107.3 Exocyst complex component Sec10, N-terminal
XP_057788156.1 Pfam PF07393 Sec10_HB Repeat 209 813 9.8e-136 454.4 Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932173.1
TTATAGGGTATTAGCGTAAGATTTGATTACATATTGTTTTGGTGAGACGGTCAAAATAATTGATGCTATTTTTCATGCGCAAGCGCAACGTTTGAAGAAAAGCTCGCCCAACACTTAGAACTTGCACAAATTCTTCGGCTGCACAGAAAGAATTTTCAAGAAATCACTACTATTTCAGCAAATCCCGTTTATTTCTCTAAAATTCTTCGTTATTTGATTCAGATTTGCAGTATCGTAATGCTCCTAAACATATACATGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005277
ATGCAAGAGACTAAAGATGGTGCAACGGATGGCTCCTCTCCAATAATTTTGAGCATTGATGAGTTCAAGGGTGACTTTTCATTCGATTCACTGTTCGGGAAGTTAGTAAAGCAGTTCTTGCCATCTTGTTTAGAAGAAATAGATGCTTGTGAAGGAGTTGGAGTAAATGATGCTATACCACATGGGCATACGCGAACTCAATCGGAAGCCGGAAAGTTCTCGCTAGCCATATCAAGCCCCTTATTTCCTGAAGTAGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788156.1
MQETKDGATDGSSPIILSIDEFKGDFSFDSLFGKLVKQFLPSCLEEIDACEGVGVNDAIPHGHTRTQSEAGKFSLAISSPLFPEVDALLSLFKNSGTQLIDLRKQIDVKLNNLKKEVASQDYKHRKTLSELEKRVDVLFDSFARLDSRISSVGQTAAKIGDHLQSADTQRETASQTIDLIKYLMEFNSSPGDLMELSPLFSDDTRVADAASIAQKLRLFAEEDPGRQGMNVSGDATASKGLEVAVGNLQEYCNELENKLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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