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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004950

染色体: Chr01 坐标: 67582362-67584478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004950
名称SmilChr01G004950
描述(S)-8-oxocitronellyl enol synthase ISY1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67582362 - 67584478 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005287
GeneID131005287
locus_tag-
NCBI NameLOC131005287
原始查询SmilChr01G004950

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述(S)-8-oxocitronellyl enol synthase ISY1
产物(S)-8-oxocitronellyl enol synthase ISY1
ArabidopsisAT4G24220 (VEP1)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828523]
identity=69.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0436400 (OSJNBb0034P05.1)
-
identity=60.4; qcov=1.03; evalue=4.36e-173; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01370 (Epimerase); PF22917 (PRISE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788167.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057788167.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788167.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788167.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67583045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:67583635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B34,B38,B39,B70
Chr1:67583748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788167.1
389 aa
N
1
194
389
Epimerase
PRISE
C
PF01370 Epimerase 29-128 aa PF22917 PRISE 87-389 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788167.1 Pfam PF01370 Epimerase Family 29 128 8.9e-05 22.7 NAD dependent epimerase/dehydratase family
XP_057788167.1 Pfam PF22917 PRISE Domain 87 389 9.5e-31 107.9 PRISE-like Rossmann-fold domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932184.1
AATTATTTAATCACTCTTTTAATTTTATCTATCCAAACCAAACCCCTCGCACCTATTTTCTATAGATTGAGCCTCTAAATTGTTAAGCTGAAAGTGTAGTAATAGGTTTTTGGTAAGCACGTTTATGTTAAGTTGGATGCAATAATTGAAATAGTCGACACAATACAGCCAAATTAAATAATCGAAACGGAAATTGCTTTCTCCTTCATATTTCTCTCGCTCCTCCAATAAAATACGAATCACAGACACAAATTTGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005287
ATGAGCTGGTGGTGGGCTGGAGCTATTGGCGCTGCAAAGAAAAAATTCGATGAAGATGAGGCGCCGCCGAACTACCAGAGCGTAGCTCTGGTGGTGGGGGTGACCGGAATCGTGGGCAACAGCCTGGCGGAGATCCTGCCGCTCTCGGATACTCCGGGCGGCCCGTGGAAGGTTCATGGGGTGGCGCGCCGCCCCCGCCCCTCCTGGAACGAGGATCACCCCATCAACTACATCAGCTGTGATGTATCCGACCCCGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788167.1
MSWWWAGAIGAAKKKFDEDEAPPNYQSVALVVGVTGIVGNSLAEILPLSDTPGGPWKVHGVARRPRPSWNEDHPINYISCDVSDPDDVKEKLSPLTDVTNIFYVTWTNKSTEEENCEANGKMLKNVLNVVIPNCPDLKHICLLTGRKHYLGPFQSLWKIQTHDPPLTEDLPRLDCPNFYYTLEDILFEEVGKKEGLTWSVHRPGVIFGFSPYSMMNLVGTLCVYAAICKHEGAVLRFPGCKDAWDGYFDCSDADLIAEHQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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