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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004951

染色体: Chr01 坐标: 67590086-67592932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004951
名称SmilChr01G004951
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67590086 - 67592932 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005291
GeneID131005291
locus_tag-
NCBI NameLOC131005291
原始查询SmilChr01G004951

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860-like
ArabidopsisAT5G02860 (AT5G02860)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831761]
identity=64.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0590600
-
identity=56.9; qcov=0.789; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057788169.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057788169.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057788169.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788169.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788169.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67590390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B131,B49,B97
Chr1:67590409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:67590893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,D11
Chr1:67590905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B53,C42,C48,C5,C53
Chr1:67591103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:67591136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:67591160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:67591694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr1:67591784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:67591916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:67591919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr1:67592159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788169.1
812 aa
N
1
406
812
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_long
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
C
PF23276 TPR_24 170-299 aa PF01535 PPR 173-198 aa PF13812 PPR_3 189-251 aa PF13041 PPR_2 202-248 aa PF01535 PPR 205-234 aa PF13041 PPR_2 236-284 aa PF01535 PPR 239-270 aa PF13812 PPR_3 256-284 aa PF17177 PPR_long 258-396 aa PF12854 PPR_1 269-301 aa PF01535 PPR 275-304 aa PF13812 PPR_3 296-354 aa PF12854 PPR_1 304-336 aa PF13041 PPR_2 307-347 aa PF01535 PPR 310-339 aa PF23276 TPR_24 316-439 aa PF12854 PPR_1 340-370 aa PF13041 PPR_2 342-389 aa PF01535 PPR 345-375 aa PF13812 PPR_3 366-427 aa PF12854 PPR_1 373-406 aa PF13041 PPR_2 379-424 aa PF01535 PPR 380-410 aa PF23276 TPR_24 393-509 aa PF13041 PPR_2 412-451 aa PF01535 PPR 416-445 aa PF17177 PPR_long 434-573 aa PF13812 PPR_3 435-494 aa PF01535 PPR 450-480 aa PF13812 PPR_3 471-528 aa PF01535 PPR 486-515 aa PF13041 PPR_2 486-531 aa PF13812 PPR_3 510-565 aa PF13041 PPR_2 517-566 aa PF01535 PPR 520-550 aa PF23276 TPR_24 524-646 aa PF17177 PPR_long 604-693 aa PF13812 PPR_3 614-668 aa PF13041 PPR_2 622-666 aa PF01535 PPR 626-655 aa PF13041 PPR_2 657-703 aa PF01535 PPR 661-690 aa PF23276 TPR_24 668-784 aa PF13812 PPR_3 681-736 aa PF12854 PPR_1 688-720 aa PF13041 PPR_2 692-738 aa PF01535 PPR 695-725 aa PF13041 PPR_2 727-775 aa PF01535 PPR 730-760 aa PF01535 PPR 765-786 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788169.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 170 299 1e-47 162.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 173 198 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 189 251 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 202 248 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 205 234 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 236 284 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 239 270 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 256 284 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 258 396 2.7e-49 168.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788169.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 269 301 2.1e-115 376.8 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 275 304 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 296 354 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 304 336 2.1e-115 376.8 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 307 347 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 310 339 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 316 439 1e-47 162.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788169.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 340 370 2.1e-115 376.8 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 342 389 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 345 375 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 366 427 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 373 406 2.1e-115 376.8 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 379 424 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 380 410 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 393 509 1e-47 162.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 412 451 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 416 445 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 434 573 2.7e-49 168.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 435 494 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 450 480 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 471 528 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 486 515 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 486 531 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 510 565 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 517 566 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 520 550 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 524 646 1e-47 162.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788169.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 604 693 2.7e-49 168.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 614 668 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 622 666 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 626 655 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 657 703 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 661 690 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 668 784 1e-47 162.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788169.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 681 736 1.1e-122 400.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788169.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 688 720 2.1e-115 376.8 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 692 738 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 695 725 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 727 775 8.4e-147 477.9 PPR repeat family
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 730 760 1.4e-118 379.9 PPR repeat
XP_057788169.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 765 786 1.4e-118 379.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932186.1
AGTGGACCAATATTCGCCGGGGGTTTTATCCCCGATTAAATTAAATAAATAGGGAGAGAGTGGCATTTCTAAACCCCTGCCCCTCCCCCTGGGTTTATCTCTCACAACGCAACAGCGTCAATGGCGGAAAAACTAGCTCTCCCTCTTATCCTCCCAAATCCCCCTCCCTCTAAACCTTTCTTTCAAGACCAATCCCCCTCCGCCGCCGCACCTCCTCTTCCCTCGCCCAGCTTATCCCCTCTCTTCCACGATTTCCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005291
ATGGCGGAAAAACTAGCTCTCCCTCTTATCCTCCCAAATCCCCCTCCCTCTAAACCTTTCTTTCAAGACCAATCCCCCTCCGCCGCCGCACCTCCTCTTCCCTCGCCCAGCTTATCCCCTCTCTTCCACGATTTCCTCACCCAACAAAACCCCACCACCCACGACCCCCTCTCCCTCCAGCGCCCACGCCGTCGTATCGGCAAGCACCGTGACCCCAACAAGGGCAAGCCCTGGCTCAACCACGGCCTCTCTTCTCTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788169.1
MAEKLALPLILPNPPPSKPFFQDQSPSAAAPPLPSPSLSPLFHDFLTQQNPTTHDPLSLQRPRRRIGKHRDPNKGKPWLNHGLSSLGERTLHSLLDPQFDAHKLHQELSALLRYRIEESEFSEDYIDAVFSDLLGIIKGLGYHKKCDLALSVFEWIKSRTDSQKLINGSVVAVLISMLGKNGRISAAASLLHSLQKDGYGIDVYAYTSLITVFVRNGRYREAVMVFKKMEEEGCRPTLITYNVILNVYGKMGMPWHKIME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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