Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004953`

染色体: Chr01 坐标: 67606556-67615522 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004953`
名称	SmilChr01G004953
描述	uncharacterized SmilChr01G004953
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67606556 - 67615522 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011947`
GeneID	`131011947`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011947`
原始查询	`SmilChr01G004953`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.6; qcov=0.273; evalue=2.13e-19; confidence=weak
Rice	`Os10g0351414` - identity=27.1; qcov=0.332; evalue=5.65e-24; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795833.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057795833.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057795833.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057795833.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057795833.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67606556`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	33	A3,A5,A9,B1,B101,B129,B130,B133,B17,B18,B39,B46,B47,B49,B5,B56,B72,B82,B95,B96,C13,C22,C28,C32,C35,C48,C64,C68,C79,C82,C87,D3,D7
`Chr1:67606557`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	59	A14,A3,A5,B10,B106,B108,B111,B115,B122,B126,B128,B137,B24,B28,B32,B34,B37,B44,B46,B50,B59,B6,B63,B66,B67,B76,B8,B86,B87,B88,B95,C1,C10,C14,C18,C19,C20,C23,C24,C29,C34,C37,C49,C50,C54,C59,C62,C63,C81,C83,C84,C85,C87,D11,D2,D4,D5,D6,D8
`Chr1:67606567`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr1:67606567`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D11
`Chr1:67606568`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	37	A1,A16,A8,B10,B106,B112,B127,B134,B137,B14,B18,B3,B30,B32,B44,B50,B61,B75,B79,B81,B85,B86,B93,B94,B98,C19,C2,C33,C35,C39,C48,C50,C56,C63,C65,C67,C82
`Chr1:67606571`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	72	A10,A13,A14,A22,B101,B105,B108,B109,B111,B113,B115,B117,B12,B125,B129,B133,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B17,B20,B23,B25,B29,B34,B37,B41,B44,B48,B6,B63,B72,B73,B76,B77,B78,B83,B84,B87,B94,C1,C11,C15,C2,C20,C23,C26,C3,C30,C31,C38,C39,C43,C46,C48,C58,C71,C79,C80,C86,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D9
`Chr1:67606578`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A2,A21,A8,B23,B33,B40,B88,C16,C62,C65
`Chr1:67606581`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B118,B90,C52
`Chr1:67606581`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B118,B90,C52
`Chr1:67606583`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	A2,A21,A8,B23,B33,B40,B88,C16,C62,C65
`Chr1:67606588`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B24,B66
`Chr1:67606588`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B24,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939850.1
ATGGGGGAAAAAATAGAAAAAAAAGAGAGGAAATGGGAGACGAGAGGGCAGCAGAGGCGAGATGGATGGAGGTGGGAGGGCGGCAGAGGCCAGAGGGATGGAGATGGGAGGGCGGCGGAGGCCAGTGGGAAGGCGGTGGAGGCGGCGAGAGGCGAGAGGGCGGCGGAGGCGAGAGGACGGAGGTGGGAGGGCGGCGAAAGTCAGTGGGAAGGCGGCGGAGGTGGAGAGAGGCGAGAGGGCGGAGGTGGGAGGGCGGCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011947
ATGGGGGAAAAAATAGAAAAAAAAGAGAGGAAATGGGAGACGAGAGGGCAGCAGAGGCGAGATGGATGGAGGTGGGAGGGCGGCAGAGGCCAGAGGGATGGAGATGGGAGGGCGGCGGAGGCCAGTGGGAAGGCGGTGGAGGCGGCGAGAGGCGAGAGGGCGGCGGAGGCGAGAGGACGGAGGTGGGAGGGCGGCGAAAGTCAGTGGGAAGGCGGCGGAGGTGGAGAGAGGCGAGAGGGCGGAGGTGGGAGGGCGGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795833.1
MGEKIEKKERKWETRGQQRRDGWRWEGGRGQRDGDGRAAEASGKAVEAARGERAAEARGRRWEGGESQWEGGGGGERREGGGGRAAGWREDIGMEVGGRRKKNQQPLLGYSSSTAKAVGTVSSYAHVTAPQRVRKPDLPAHKFHALQPFAQGGHGVLKVPREIQNFQASKFQHALIGRFMMNKGKIPRTTRELKAELQSLWAIKSPWSLMPMGRGFYTLKFLNKEDKAAAKRHVIWDLPAESSSLAQVWVRVYYLPVEFW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器