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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004957

染色体: Chr01 坐标: 67669034-67676222 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004957
名称SmilChr01G004957
描述protein DWD HYPERSENSITIVE TO UV-B 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67669034 - 67676222 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005296
GeneID131005296
locus_tag-
NCBI NameLOC131005296
原始查询SmilChr01G004957

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DWD HYPERSENSITIVE TO UV-B 1
产物protein DWD HYPERSENSITIVE TO UV-B 1
ArabidopsisAT4G34280 (AT4G34280)
transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829578]
identity=56; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0677700 (OsKTN80b)
-
identity=31.4; qcov=0.185; evalue=8.28e-08; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0071493 (cellular response to UV-B); GO:0080008 (Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF20919 (DHU1_N); PF23098 (Beta-prop_NOL10_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005296

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788175.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057788175.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788179.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788175.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788175.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67670800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:67671864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:67672051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:67672199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr1:67672563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C76,C77
Chr1:67672601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:67672982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B100,B121,C11,C69
Chr1:67672995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr1:67673064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B15,C76,C77
Chr1:67673720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:67674620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr1:67674630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788175.1
813 aa
N
1
406
813
DHU1_N
Beta-prop_NOL10_N
WD40
C
PF20919 DHU1_N 5-392 aa PF23098 Beta-prop_NOL10_N 477-647 aa PF00400 WD40 613-643 aa
XP_057788176.1
812 aa
N
1
406
812
DHU1_N
Beta-prop_NOL10_N
WD40
C
PF20919 DHU1_N 5-391 aa PF23098 Beta-prop_NOL10_N 476-646 aa PF00400 WD40 612-642 aa
XP_057788177.1
765 aa
N
1
382
765
DHU1_N
Beta-prop_NOL10_N
WD40
C
PF20919 DHU1_N 4-344 aa PF23098 Beta-prop_NOL10_N 429-599 aa PF00400 WD40 565-595 aa
XP_057788178.1
765 aa
N
1
382
765
DHU1_N
Beta-prop_NOL10_N
WD40
C
PF20919 DHU1_N 4-344 aa PF23098 Beta-prop_NOL10_N 429-599 aa PF00400 WD40 565-595 aa
XP_057788179.1
670 aa
N
1
335
670
DHU1_N
Beta-prop_NOL10_N
WD40
C
PF20919 DHU1_N 1-249 aa PF23098 Beta-prop_NOL10_N 334-504 aa PF00400 WD40 470-500 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788175.1 Pfam PF20919 DHU1_N Repeat 5 392 1.2e-76 259.1 DWD hypersensitive to UV-B 1, N-terminal
XP_057788175.1 Pfam PF23098 Beta-prop_NOL10_N Repeat 477 647 5.9e-08 33.0 Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain
XP_057788175.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 613 643 2.3e-10 41.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057788176.1 Pfam PF20919 DHU1_N Repeat 5 391 2.1e-76 258.3 DWD hypersensitive to UV-B 1, N-terminal
XP_057788176.1 Pfam PF23098 Beta-prop_NOL10_N Repeat 476 646 5.9e-08 33.0 Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain
XP_057788176.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 612 642 2.2e-10 41.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057788177.1 Pfam PF20919 DHU1_N Repeat 4 344 6.8e-63 213.9 DWD hypersensitive to UV-B 1, N-terminal
XP_057788177.1 Pfam PF23098 Beta-prop_NOL10_N Repeat 429 599 5.4e-08 33.1 Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain
XP_057788177.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 565 595 1.5e-10 41.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057788178.1 Pfam PF20919 DHU1_N Repeat 4 344 6.8e-63 213.9 DWD hypersensitive to UV-B 1, N-terminal
XP_057788178.1 Pfam PF23098 Beta-prop_NOL10_N Repeat 429 599 5.4e-08 33.1 Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain
XP_057788178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 565 595 1.5e-10 41.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057788179.1 Pfam PF20919 DHU1_N Repeat 1 249 2.5e-36 126.4 DWD hypersensitive to UV-B 1, N-terminal
XP_057788179.1 Pfam PF23098 Beta-prop_NOL10_N Repeat 334 504 4.3e-08 33.4 Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain
XP_057788179.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 470 500 2.4e-10 41.2 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932193.1
TTGCAAATAAATGGAGTATTATGTATGGCTTGGTACAGTCACACACACACAGTACACTCGACTTCATCACTGGTGTGTGGGCCAAGGCCCAAAAGCGCGAAAAGGGCCCTCTAAATTATTAAAAACACACGAGAGGAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAATCAATCGGAAATTATGTTGAACAGCACAATTTACTTTATTGCTGTGTAACAATCTGCAAAAAGAAGAAGCGCATCGGGATTGACGTTGGGGC...
XM_057932192.1
AAAGAAAATCAATCGGAAATTATGTTGAACAGCACAATTTACTTTATTGCTGTGTAACAATCTGCAAAAAGAAGAAGCGCATCGGGATTGACGTTGGGGCATCTGGAAGAATTCTGAGAGCATGGCCATGCCTACCGACATCAGCACCTTGGAGAAAGGGTACTTTGAAGCTTGTAATAAGCAAGGCATTCCTCCAAATAAGGCGATTGTGGCAGCTTTATTCAAGGCTAAAATCAAGAAGGCTCGCCATGAGTTATCCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131005296
ATGGCCATGCCTACCGACATCAGCACCTTGGAGAAAGGGTACTTTGAAGCTTGTAATAAGCAAGGCATTCCTCCAAATAAGGCGATTGTGGCAGCTTTATTCAAGGCTAAAATCAAGAAGGCTCGCCATGAGTTATCCACATTTATGGTTCTAATGGATGACTTGAAGGATGTTGATTTTCACCCACTTCATAATATGTTAAAGGAAATTGATGTTTCCGAGATTGATGCAGTTGACATGGTAAACAGATCTTCATGTGG...
LOC131005296
ATGGCCATGCCTACCGACATCAGCACCTTGGAGAAAGGGTACTTTGAAGCTTGTAATAAGCAAGGCATTCCTCCAAATAAGGCGATTGTGGCAGCTTTATTCAAGGCTAAAATCAAGAAGGCTCGCCATGAGTTATCCACATTTATGGTTCTAATGGATGACTTGAAGGATGTTGATTTTCACCCACTTCATAATATGTTAAAGGAAATTGATGTTTCCGAGATTGATGCAGTTGACATGGTAAACAGATCTTCATGTGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057788175.1
MAMPTDISTLEKGYFEACNKQGIPPNKAIVAALFKAKIKKARHELSTFMVLMDDLKDVDFHPLHNMLKEIDVSEIDAVDMVNRSSCGLSVEYVSPLLHAVNEKLRVVDIRDISFGRDFLLDLSQRGLACQVLNLKSSHFRKLSMVGKFVHMHTLNLDFSTSLSGFREDCFSCMPNLRLLSLCETRITNLWTTSAALAKLPSLDELRFQNCSYSSDTGCPSASSVNEGINSGHTDLGIYIELPSSSDEVLPNLQININDED...
XP_057788176.1
MAMPTDISTLEKGYFEACNKQGIPPNKAIVAALFKAKIKKARHELSTFMVLMDDLKDVDFHPLHNMLKEIDVSEIDAVDMVNRSSCGLSVEYVSPLLHAVNEKLRVVDIRDISFGRDFLLDLSQRGLACQVLNLKSSHFRKLSMVGKFVHMHTLNLDFSTSLSGFREDCFSCMPNLRLLSLCETRITNLWTTSAALAKLPSLDELRFQNCSYSSDTGCPSASSVNEGINSGHTDLGIYIELPSSSDEVLPNLQININDED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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