Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004964`

染色体: Chr01 坐标: 67709037-67714474 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004964`
名称	SmilChr01G004964
描述	uncharacterized SmilChr01G004964
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67709037 - 67714474 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005302`
GeneID	`131005302`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005302`
原始查询	`SmilChr01G004964`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MAR-binding filament-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815980]; symbol=AT2G14910; hit=AT2G14910; species=arabidopsis; confidence=high
产物	MAR-binding filament-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815980]; symbol=AT2G14910; hit=AT2G14910; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G14910` (AT2G14910) MAR-binding filament-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815980] identity=62.2; qcov=0.852; evalue=3.32e-131; confidence=high
Rice	`Os12g0581700` - identity=53.9; qcov=0.823; evalue=1.47e-105; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05542 (DUF760)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788184.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057788184.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057788184.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788184.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788184.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67709274`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C52
`Chr1:67709274`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C52
`Chr1:67709676`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	A18,B105,B134,B35,B41,B44,B56,B85,B96,C10,C30,C46,C53,C55,C86,D1
`Chr1:67712385`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B27
`Chr1:67712385`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B27
`Chr1:67713431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B66,C8
`Chr1:67713884`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,D10
`Chr1:67714047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788184.1

385 aa

192

385

DUF760

PF05542 DUF760 74-155 aa PF05542 DUF760 256-372 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788184.1`	Pfam	`PF05542`	DUF760	Family	74	155	5.2e-49	165.3	Protein of unknown function (DUF760)
`XP_057788184.1`	Pfam	`PF05542`	DUF760	Family	256	372	5.2e-49	165.3	Protein of unknown function (DUF760)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932201.1
ACTTGAAAATTAATGAAGTTACATGGGGAAAGCAATGGAGAGTTTGACTACGAGTTGTTAGTCGGCCCATTGGGCCCGACAGGAGCAAGACCAGCAAGTAGCGGAGTAGTCCACGTAAGGCCTACACGAGCCCAATTATGGCACATGTGCGGTGCGGCCGACGTGGCTCAACCTCAATCCCGCCGCGGCGGTGGCGCCACCGCACATGCCCTGCCCGCCCGCCACTTTCCTCTCAGCCCCACCACCTGCTCGACGTTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005302
ATGGCAACCTTAGCCTCCTTTCTCTCCTGTTCTCCTCCCTCCCTTTCCTTGCGCTGCCGTGTTCCGCCGTCTTCCGTGTCTTTTCTAGGTTTTAGCCACGCCACAAAATTTGGCAATCTCCGACGTATAGGAATCCAGGTTTTTGCTTCTTCAGCTTCTTCGTCATCGTCTGATTGGGTATACGCCGGCGACGAAAATTCGGGTTCAAAGAAATCAGCCCTTTTTAATTTAATACGAGACATCGAGCCCTTGGATGTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788184.1
MATLASFLSCSPPSLSLRCRVPPSSVSFLGFSHATKFGNLRRIGIQVFASSASSSSSDWVYAGDENSGSKKSALFNLIRDIEPLDVSLIQKDVSNTTIDAMKRTISGMLGLLPSDQFQVMIDALWESLSKLLISSMMTGYTLRNAEYMLSLERNLEIYEGNSYNLKNEDSQLEAEEEHLNEEGKYGNFTQERSSSSDGFEESTGNIPGFGEMTPEARRYILMLHSHLSSVKKELHEVKRKSAALQMQQFVGEEKNDLLDY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器