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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004977

染色体: Chr01 坐标: 67836136-67837071 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004977
名称SmilChr01G004977
描述uncharacterized SmilChr01G004977
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67836136 - 67837071 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005313
GeneID131005313
locus_tag-
NCBI NameLOC131005313
原始查询SmilChr01G004977

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=high
产物Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G15220 (AT2G15220)
Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]
identity=59.7; qcov=0.978; evalue=2.11e-95; confidence=high
RiceOs10g0490900
-
identity=59.2; qcov=0.845; evalue=7.28e-73; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04450 (BSP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057788198.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057788198.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057788198.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788198.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788198.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67836397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:67836441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:67836627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B4,B95,C36
Chr1:67836635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B36,C53
Chr1:67836727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C26,C43
Chr1:67836754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788198.1
226 aa
N
1
113
226
BSP
C
PF04450 BSP 23-222 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788198.1 Pfam PF04450 BSP Family 23 222 7.5e-78 261.8 Peptidase of plants and bacteria

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932215.1
CCAGACTATTCCACGTTGACCACGTCAACCCCTTTGGTTTCCCGCTCCATATAAACCAGACAAACGCACTTCATCTCATAACAATTAACAATCTCGAAAATGGCCAGCTTAGCGTTGATTACGCTCTCTTCTTTGGTGATTCTCTCCGCCATCGGAGGCGGCTCCGCCTTGGAATACACGGTGACCAACACCGCGGAGAACACTCCCGGCGGGGCCAAGTTCAACACCGACGTTGGCGCGCAATACAGCCGGGAAACACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005313
ATGGCCAGCTTAGCGTTGATTACGCTCTCTTCTTTGGTGATTCTCTCCGCCATCGGAGGCGGCTCCGCCTTGGAATACACGGTGACCAACACCGCGGAGAACACTCCCGGCGGGGCCAAGTTCAACACCGACGTTGGCGCGCAATACAGCCGGGAAACACTAGATGCCGCCACCAATTTCATATGGGGTATCTTCCAGCAGACTAACCCCGCCGACAGGAAATCCGTCGCCAGAGTTAGCTTGTTCATCGACGACATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788198.1
MASLALITLSSLVILSAIGGGSALEYTVTNTAENTPGGAKFNTDVGAQYSRETLDAATNFIWGIFQQTNPADRKSVARVSLFIDDMDGVAYANSNNEIHVSARYINGLSGDVRREITGVLYHEMTHVWQWNGSGQAPVLLIEGIADFVRLKAGYAPAHWVGPGGGDRWDQGYDVTARFLDYCDGLRSGSFVAELNKKMRGGYSPIFFQELLGKSVDTLWADYKAST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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