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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004983

染色体: Chr01 坐标: 67882168-67888103 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004983
名称SmilChr01G004983
描述uncharacterized SmilChr01G004983
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67882168 - 67888103 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005319
GeneID131005319
locus_tag-
NCBI NameLOC131005319
原始查询SmilChr01G004983

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UNC-50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816013]; symbol=AT2G15240; hit=AT2G15240; species=arabidopsis; confidence=high
产物UNC-50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816013]; symbol=AT2G15240; hit=AT2G15240; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G15240 (AT2G15240)
UNC-50 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816013]
identity=61.6; qcov=1.19; evalue=2.2e-100; confidence=high
RiceOs09g0109500
-
identity=60.1; qcov=1.18; evalue=6.43e-99; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane)
KEGG-
PfamPF05216 (UNC-50)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057788204.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057788206.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057788206.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788206.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67882541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C33,C58
Chr1:67882657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C58
Chr1:67886164 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 18 A10,A3,B101,B12,B13,B136,B16,B22,B38,B39,B46,B90,B92,B93,C13,C58,D3,D5
Chr1:67886670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B23,C2,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788204.1
252 aa
N
1
126
252
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 24-248 aa
XP_057788206.1
226 aa
N
1
113
226
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 56-222 aa
XP_057788207.1
222 aa
N
1
111
222
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 52-218 aa
XP_057788208.1
221 aa
N
1
110
221
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 51-217 aa
XP_057788209.1
219 aa
N
1
110
219
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 1-215 aa
XP_057788210.1
219 aa
N
1
110
219
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 1-215 aa
XP_057788211.1
211 aa
N
1
106
211
UNC-50
UNC-50
C
PF05216 UNC-50 24-62 aa PF05216 UNC-50 76-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788204.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 24 248 2.5e-85 286.2 UNC-50 family
XP_057788206.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 56 222 4.2e-41 141.6 UNC-50 family
XP_057788207.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 52 218 4.1e-41 141.7 UNC-50 family
XP_057788208.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 51 217 4e-41 141.7 UNC-50 family
XP_057788209.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 1 215 1.2e-80 270.9 UNC-50 family
XP_057788210.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 1 215 1.2e-80 270.9 UNC-50 family
XP_057788211.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 24 62 2.4e-54 184.9 UNC-50 family
XP_057788211.1 Pfam PF05216 UNC-50 Family 76 207 2.4e-54 184.9 UNC-50 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932221.1
ATTGGGCTACAAGAAGGGCCTCTTAATCCAAAATGAAGCCCAAACCCAACAGAGTCATCAGCCTCGAGAGCATTTCCATTTTCCAGAGAGAGAGAGAGAAATAGCAGTGAAATTGAAGAAACCTTCCAATTCAACAACACATTGCAAGTTCAGAAAAGTTGTTGTAATTTCATCGGAGAAGGAAGAAGGAGATGCTGCCCACATCTTCATCCGTAAAGGGGCGTTCGGGGCCTCATACTCGGCCCAATTCCCTCCCTCAC...
XM_057932228.1
GGCTACAAGAAGGGCCTCTTAATCCAAAATGAAGCCCAAACCCAACAGAGTCATCAGCCTCGAGAGCATTTCCATTTTCCAGAGAGAGAGAGAGAAATAGCAGTGAAATTGAAGAAACCTTCCAATTCAACAACACATTGCAAGTTCAGAAAAGTTGTTGTAATTTCATCGGAGAAGGAAGAAGGAGATGCTGCCCACATCTTCATCCGTAAAGGGGCGTTCGGGGCCTCATACTCGGCCCAATTCCCTCCCTCACTACC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131005319
ATGCTGCCCACATCTTCATCCGTAAAGGGGCGTTCGGGGCCTCATACTCGGCCCAATTCCCTCCCTCACTACCTCCGTAGAATTGTCAAGTGGCAACAAATGGACATTGAATATACCTTTTGGCAAATGCTTCACTTATGTACAGCGCCAAAAGTTGTATACCAACACACAAAATATCACAAACGTATGATCATAGCGCTGGACATGCTGCTTTTGTTGTTATTTCAGTATTGCTTTTCCACTTCCTGGTTCTTCACTAA...
LOC131005319
ATGCTGCCCACATCTTCATCCGTAAAGGGGCGTTCGGGGCCTCATACTCGGCCCAATTCCCTCCCTCACTACCTCCGTAGAATTGTCAAGTGGCAACAAATGGACATTGAATATACCTTTTGGCAAATGCTTCACTTATGTACAGCGCCAAAAGTTGTATACCAACACACAAAATATCACAAACAAACAAAGAACCAATGGGCACGTGATGATCCTGCATTTGTCGTCGTGTGTAGTCTTCTTTTGTCGTTATCTACGGT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057788204.1
MLPTSSSVKGRSGPHTRPNSLPHYLRRIVKWQQMDIEYTFWQMLHLCTAPKVVYQHTKYHKQTKNQWARDDPAFVVVCSLLLSLSTVAYCATYDHSAGHAAFVVISVLLFHFLVTGAILATFCWFFTNNYLREEAPNSHVVEQRVEWLYAFDVHCNSFFPMFLLLYVVHYFISPLLVAHGFIPVLLSNLLFMAAISYYHYLNFLGYAVLPFLDRTDFFLYPIGVFIVLSPILILCGFNPSRYFMNMYFSRLV
XP_057788206.1
MQARMMSRGYRYNKSGNKWTLNIPFGKCFTYVQRQKLYTNTQNITNKQRTNGHVMILHLSSCVVFFCRYLRLLIVLRMIIALDMLLLLLFQYCFSTSWFFTNNYLREEAPNSHVVEQRVEWLYAFDVHCNSFFPMFLLLYVVHYFISPLLVAHGFIPVLLSNLLFMAAISYYHYLNFLGYAVLPFLDRTDFFLYPIGVFIVLSPILILCGFNPSRYFMNMYFSRLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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