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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004986

染色体: Chr01 坐标: 67909869-67912819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004986
名称SmilChr01G004986
描述uncharacterized SmilChr01G004986
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67909869 - 67912819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005330
GeneID131005330
locus_tag-
NCBI NameLOC131005330
原始查询SmilChr01G004986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PRKR-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816016]; symbol=AT2G15270; hit=AT2G15270; species=arabidopsis; confidence=medium
产物PRKR-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816016]; symbol=AT2G15270; hit=AT2G15270; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G15270 (AT2G15270)
PRKR-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816016]
identity=62.6; qcov=0.74; evalue=2.74e-39; confidence=medium
RiceOs09g0104300
-
identity=66.4; qcov=0.655; evalue=4.31e-36; confidence=medium
GOGO:0003725 (double-stranded RNA binding); GO:0004860 (protein kinase inhibitor activity); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006469 (negative regulation of protein kinase activity); GO:0019901 (protein kinase binding)
KEGG-
PfamPF06658 (DUF1168)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788229.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057788229.1
3 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057788229.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788229.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788229.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67910188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:67910250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788229.1
177 aa
N
1
88
177
DUF1168
C
PF06658 DUF1168 61-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788229.1 Pfam PF06658 DUF1168 Family 61 175 2.8e-28 99.2 Protein of unknown function (DUF1168)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932246.1
TCCATGATTATTCCCTTAATTATAAATTGATGCGCGAGAAAGTCCGGAAAATACAATGCTACTACTATTATGTGAAGGATAAATTCCCAAAATTATTTGAAATACTCCAAGTTCCCATAATCTCTAGGTTGAATTCGATCAATTACAGCTCCTGATCACTACCAATCCACCGATTTAATTTCAAACCACAGCTCTCGCCGTCAAATTACCGCGAAAAAACCGAAAATCCAAACCCTAGGGTTCAGGTTTTTTGCAGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005330
ATGTCATCGTCGGGAAGGCCGACGTCCGTCGCCGCCGGTGATATGCAGATGGTTGTGGTGGCGGACAGAGCACCTGCCACTCTGCCACCACGTCCTCCGCCTCCTTCATCTTCGTCCTCAGCTCTGGTAGAGTATACACCGCCTGCAGCCAACCCCGAGGATGAGGACCTTGAAGTTAAGCTCCGGCGCATTATTGAATGCGTCCCTGTTCGCGTCAGCAATACCTCAGGAAGTTCAGCCGGTTCCGGCTCTGGTGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788229.1
MSSSGRPTSVAAGDMQMVVVADRAPATLPPRPPPPSSSSSALVEYTPPAANPEDEDLEVKLRRIIECVPVRVSNTSGSSAGSGSGDFHQYRQMRRKEQDRLARMDADFQKRKEITEFSKRREERLKAAEERTSKKRLKRLKKKLKKKDKKSKTDAGGDGHQKEQSSDEGGDSDNEET

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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