Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004988`

染色体: Chr01 坐标: 67917384-67919837 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004988`
名称	SmilChr01G004988
描述	uncharacterized SmilChr01G004988
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67917384 - 67919837 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005326`
GeneID	`131005326`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005326`
原始查询	`SmilChr01G004988`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	temperature sensing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825894]; symbol=EDA35; hit=AT4G05440; species=arabidopsis; confidence=high
产物	temperature sensing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825894]; symbol=EDA35; hit=AT4G05440; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G05440` (EDA35) temperature sensing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825894] identity=66.5; qcov=0.988; evalue=4.49e-163; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF07065 (D123)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005326

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788219.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788219.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057788219.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057788219.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788219.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67918706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:67918800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:67918952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr1:67918983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B94
`Chr1:67918984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B77
`Chr1:67919020`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:67919049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:67919054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr1:67919063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:67919138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,B8
`Chr1:67919151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B95,C1,C26,C43
`Chr1:67919364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788219.1

335 aa

168

335

D123

PF07065 D123 14-305 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788219.1`	Pfam	`PF07065`	D123	Family	14	305	7.9e-96	321.5	D123

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932236.1
GGGTGATTTTTACAGATGAAAACAGACAATATCGTAATTCTATTAATATTTTTATTTTATTTTTCAATAAAGGGGTATAGTGAAAAAAGTGGGACTGTGCTTAGAATCACCCCAAATCCAATCGCCCGATTCCCCCACTCCCAGACCCAGTTCCCCTATCGGCATTCCGCAGGAAGCAAGCAGCAGCCGCGCCGCCGCCTGCCCGCGTCGCCGACCGCGCATTTCGCCGGAAGCAAGCAGCAGCAGCAGCGCCGCCTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005326
ATGAAGGAAGAGGATATAAACAGGTGCCAGATTCAGGAATGGTTCCCAAAATTCAAATCCATAACCATAAAAACTTCAATTCACAAGCTTCCTGAGTCCTTTGTCCAATACCTTACTGATGATTCTGGTGCATTTCTGCTGCCTCTTTCAATCACAAATGATGATGCCTTGCCGAATAGAATCCACAAACCCGAGGAAGAGGAAGATTTTGTTGTGTCGGAGGGATCTGGAGACGAAGCAGAGGAATCCATGCCGGCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788219.1
MKEEDINRCQIQEWFPKFKSITIKTSIHKLPESFVQYLTDDSGAFLLPLSITNDDALPNRIHKPEEEEDFVVSEGSGDEAEESMPAPSFPELETEIKASIESLGGAVFPKLNWSSPKDAAWISSTGSLRCTNFSEIALLLRSSDSVVHDLFHAYDSCTDKTASRPSTFYLALRKWYPSLHPEMEFRCFVLDKALVGICQREVTNFYPALVEKKSELKMVVEQLFLDKIKEGFESESYTFDVYVMKDGRVKILDFNPWGAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器