Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004989`

染色体: Chr01 坐标: 67920755-67923485 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004989`
名称	SmilChr01G004989
描述	protein TIC 21, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67920755 - 67923485 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005327`
GeneID	`131005327`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005327`
原始查询	`SmilChr01G004989`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TIC 21, chloroplastic
产物	protein TIC 21%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G15290` (TIC21) translocon at inner membrane of chloroplasts 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816018] identity=63.4; qcov=1.03; evalue=1.3e-116; confidence=high
Rice	`Os06g0638100` - identity=75; qcov=0.69; evalue=4.23e-104; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12263 (DUF3611)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005327

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788220.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057788220.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057788220.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057788220.1`
5	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057788220.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67920967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C45,C56
`Chr1:67921002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:67921063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:67921336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:67922481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr1:67923299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:67923319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B23,C39,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788220.1

290 aa

145

290

DUF3611

PF12263 DUF3611 102-276 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788220.1`	Pfam	`PF12263`	DUF3611	Family	102	276	4.1e-55	187.1	Protein of unknown function (DUF3611)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932237.1
GATTTTTGAAAATCAAAGCACGGGATTCTTTTCTTTTATTTACCTAAAGACATTAATAATTTTTGTTATATTGTTTTAAAGTAGGAGTAGTTAATAATGTTGCCCAAAATTCATAGTACTTCGCTTCTGGGAGGCGTTTAGTAGCATCACATATAAACTATGCAAACTCTTCTGCTGCCGGCAGCTCGCTCCGGCGTCGCACCACCAGCTCCGCCGTTCAAGGCGGCGGTATCTAAGCCCATATCGTGTAATGTCAGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005327
ATGCAAACTCTTCTGCTGCCGGCAGCTCGCTCCGGCGTCGCACCACCAGCTCCGCCGTTCAAGGCGGCGGTATCTAAGCCCATATCGTGTAATGTCAGCCGTCCTTTTTCCCGCTTCAACACCTCCCTTTATCCTCATTCATCTCTTTCTTCGTTGAAATTTCTCCAGAGTTTATCCTCACCTTACATAATTCTCAATAATCAGAGTAATCGCAGTGCCAAAACCCTAGCTTCCGCTCCCACGGCTGCTGCCTATACTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788220.1
MQTLLLPAARSGVAPPAPPFKAAVSKPISCNVSRPFSRFNTSLYPHSSLSSLKFLQSLSSPYIILNNQSNRSAKTLASAPTAAAYTSPSDESEKAKLAQVAKRLEKTSRYFKRLGSFGFWGQLVCTVVSAVILSFSVVITGKITSPPTFYATAGGIAAAFISVFWSFGYIRLSDRLRKTANDPSKAPPRADVVKSLQNGIGINVLGIGAAILGMQATVGLLVAKALTTSAAPYYQGISPGSSPVLALDVFLVQASANTIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器