当前解析结果
SmilChr01G004996| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004996 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004996 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G004996 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 68011492 - 68011916 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005332 |
|---|---|
| GeneID | 131005332 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005332 |
| 原始查询 | SmilChr01G004996 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822321]; symbol=AT3G27030; hit=AT3G27030; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822321]; symbol=AT3G27030; hit=AT3G27030; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT3G27030 (AT3G27030)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822321] identity=65.2; qcov=1; evalue=2.35e-28; confidence=medium |
| Rice | Os11g0496500- identity=55.1; qcov=1; evalue=1.59e-25; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF11820 (DUF3339) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005332 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057788230.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.40000 | XP_057788230.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057788230.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057788230.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788230.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:68011793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr1:68011837 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr1:68011842 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B10,B111,B97,C38,C81,C85,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788230.1PF11820
DUF3339 1-67 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788230.1 |
Pfam | PF11820 |
DUF3339 | Family | 1 | 67 | 3.6e-31 | 107.8 | Protein of unknown function (DUF3339) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。